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J-GLOBAL ID：201402229161074330   Reference number：14A0898384

Highly-Parallel FPGA Accelerator for DNA Sequence Alignment Using the Burrows-Wheeler Algorithm

Burrows-Wheelerアルゴリズムを用いたDNA塩基配列位置推定のための高並列FPGAアクセラレータ

Author (3)： WAIDYASOORIYA Hasitha M. (東北大 大学院情報科学研究科) ,  HARIYAMA MASANORI (東北大 大学院情報科学研究科) ,  KAMEYAMA MICHITAKA (東北大 大学院情報科学研究科)
Material： 電子情報通信学会技術研究報告  (IEICE Technical Report (Institute of Electronics, Information and Communication Engineers))
Volume： 114  Issue： 75(RECONF2014 1-16)  Page： 17-20  Publication year： Jun. 04, 2014 
JST Material Number： S0532B  ISSN： 0913-5685  Document type： Proceedings
Article type： 原著論文  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *nucleotide sequence ,...
Semi thesaurus term： Genome mapping

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JST classification (1)： Molecular and genetic information processing  (JE15040B)

Reference (8)：

• H. Li, “Maq: Mapping and assembly with qualities”, http://maq.sourceforge.net/, 2008.
• B. Langmead, C. Trapnell, M. Pop, and S. Salzberg, “Ultrafast and memory-efficient alignment of short dna sequences to the human genome”, Genome Biology, Vol.10, No.3, p.R25, 2009.
• Heng Li and Richard Durbin, “Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform”, Bioinfomatics, Vol.25, No.14, pp.1754-1760, 2009.
• N. Homer, B. Merriman and S. F. Nelson, “BFAST: An Alignment Tool for Large Scale Genome Resequencing”, PLoS ONE, vol.4, No.11, p.e7767, 2009.
• M. Burrows and D. J. Wheeler, “A block-sorting lossless data compression algorithm”, Digital Equipment Corporation, Palo Alto, CA, Technical report 124, 1994.

Terms in the title (5)： アルゴリズム ,  DNA塩基配列 ,  位置推定 ,  FPGA ,  アクセラレータ