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J-GLOBAL ID:201410056200728007   Research Resource code:NBDC00090 Update date:Aug. 06, 2017

GTOP (Rice version): Genomes to protein structures and functions

GTOP (Rice version): Genomes to protein structures and functions
Resource classification: Database
Tag (subject)  (1): Protein
Tag (data type)  (2): Sequence ,  3D structure
Species (1): Oryza sativa (NCBI Taxonomy ID: 4530)
Overview:
国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測(対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用)、機能予測(対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用)、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通ヘリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。
Source: NBDC
Record maintainer: Integbio Database Catalog
Record license: Creative Commons CC0 license

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