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J-GLOBAL ID：201502206848111896   Reference number：15A0794962

Methods for analyzing next-generation sequencing data: IV. FASTQ quality control and program installation

次世代シーケンサーデータの解析手法 第4回 クオリティコントロールとプログラムのインストール

Author (4)： SUN Jianqiang (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  TANG Min (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  SHIMIZU KENTARO (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  KADOTA KOJI (東大 大学院農学生命科学研究科)
Material： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
Volume： 26  Issue： 2  Page： 124-132  Publication year： Jun. 29, 2015 
JST Material Number： L3534A  ISSN： 1343-327X  Document type： Article
Article type： 解説  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： automatic analyser ,...
Semi thesaurus term： script ,...

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JST classification (3)： Molecular and genetic information processing  (JE15040B) ,  Molecular genetics in general  (EC02010J) ,  Microorganism test methods  (EG02020G)

Reference (10)：

• 1) 孫建強,三浦文,清水謙多郎,門田幸二(2015)次世代シーケンサーデータの解析手法:第3 回Linux 環境構築からNGS データ取得まで.日本乳酸菌学会誌26:32-41.
• 2) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24:801-803.
• 3) Nie Z, Zhou F, Li D, Lv Z, Chen J, et al. (2013) RIP-seq of BmAgo2-associated small RNAs reveal various types of small non-coding RNAs in the silkworm, Bombyx mori. BMC Genomics 14:661.
• 4) Hansen KD, Brenner SE, Dudoit S. (2010) Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming. Nucleic Acids Res 36:e131.
• 5) Lo CC, Chain PS (2014) Rapid evaluation and quality control of next generation sequencing data with FaQCs. BMC Bioinformatics 15:366.

Terms in the title (5)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  クオリティ ,  コントロール ,  インストール