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J-GLOBAL ID：201502276167959304   Reference number：15A0405857

Methods for analyzing next-generation sequencing data: III. From setting a Linux environment to manipulating Lactobacillus RNA-seq data

次世代シーケンサーデータの解析手法 第3回 Linux環境構築からNGSデータ取得まで

Author (5)： SUN Jianqiang (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  MIURA AYA (アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット) ,  SHIMIZU KENTARO (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  SHIMIZU KENTARO (アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット) ,  KADOTA KOJI (アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット)
Material： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
Volume： 26  Issue： 1  Page： 32-41  Publication year： Mar. 16, 2015 
JST Material Number： L3534A  ISSN： 1343-327X  Document type： Article
Article type： 解説  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *automatic analyser ,...
Semi thesaurus term： *next generation sequencer ,...

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JST classification (2)： Research methods in biological sciences in general  (EA03010K) ,  Research methods in microbiology and virology in general  (EG02010V)

Reference (7)：

• 1) 孫建強,湯敏,西岡輔,清水謙多郎,門田幸二(2014)次世代シーケンサーデータの解析手法 第2 回GUI 環境から コマンドライン環境へ.日本乳酸菌学会誌25:166-174.
• 2) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24: 801-803.
• 3) 門田幸二,孫建強,湯敏,西岡輔,清水謙多郎(2014)次世代シーケンサーデータの解析手法 第1 回イントロダクショ ン.日本乳酸菌学会誌 25:87-94.
• 4) 門田幸二(2014)1.3 RNA-seq,p.8-27,シリーズ Useful R 第7 巻 トランスクリプトーム解析,金明哲 編,共立出版, 東京.
• 5) Flicek P, Amode MR, Barrell D, Beal K, Billis K, et al. (2014) Ensembl 2014. Nucleic Acids Res., 42, D749-D755.

Terms in the title (6)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  Linux ,  環境 ,  構築 ,  データ取得