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J-GLOBAL ID：201502276820792399   Reference number：15A0448721

Methods for analyzing next-generation sequencing data II. From graphical user interface to command line interface

次世代シーケンサーデータの解析手法 第2回 GUI環境からコマンドライン環境へ

Author (5)： SUN Jianqiang (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  TANG Min (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  NISHIOKA TASUKU (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  SHIMIZU KENTARO (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  KADOTA KOJI (東大 大学院農学生命科学研究科)
Material： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
Volume： 25  Issue： 3  Page： 166-174  Publication year： Nov. 18, 2014 
JST Material Number： L3534A  ISSN： 1343-327X  Document type： Article
Article type： 短報  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *automatic analyser ,...
Semi thesaurus term： *genome analysis

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JST classification (4)： Structure and chemistry of genes  (EC02020U) ,  Research methods in biological sciences in general  (EA03010K) ,  Microorganism biochemistry  (EG03020N) ,  System models  (IB02000Z)

Reference (8)：

• 1) Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y., Okubo, K., Takagi, T.: DDBJ new system and service refactoring. Nucleic Acids Res., 41, D25-D29 (2013).
• 2) 小笠原理:VI プロトコール データ解析と環境構築:1 解析環境を導入する,p.323-331,実験医学別冊 次世代シークエンス解析スタンダードNGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY,二階堂愛 編,羊土社,東京(2014).
• 3) Li, J.W., Schmieder, R., Ward, R.M., Delenick, J., Olivares, E.C., Mittelman, D.: SEQanswers: an open access community for collaboratively decoding genomes. Bioinformatics, 28, 1272-1273 (2012).
• 4) Parnell, L.D., Lindenbaum, P., Shameer, K., Dall'Olio, G.M., Swan, D.C., Jensen, L.J., Cockell, S.J., Pedersen, B.S., Mangan, M.E., Miller, C.A., Albert, I.: BioStar: an online question & answer resource for the bioinformatics community. PLoS Comput. Biol., 7, e1002216 (2011).
• 5) Broadbent, J.R., Neeno-Eckwall, E.C., Stahl, B., Tandee, K., Cai, H., Morovic, W., Horvath, P., Heidenreich, J., Perna, N.T., Barrangou, R., Steele, J.L.: Analysis of the Lactobacillus casei supragenome and its influence in species evolution and lifestyle adaptation. BMC Genomics, 13, 533 (2012).

Terms in the title (5)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  GUI ,  環境 ,  コマンド