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J-GLOBAL ID:201601006485520300   Update date: Sep. 01, 2024

Fukunaga Tsukasa

フクナガ ツカサ | Fukunaga Tsukasa
Affiliation and department:
Research field  (3): Systems genomics ,  Genomics ,  Biological, health, and medical informatics
Research keywords  (9): シアノバクテリア ,  比較ゲノム解析 ,  表現型 ,  遺伝子機能推定 ,  ゲノム進化 ,  データマイニング ,  機械学習 ,  RNA二次構造 ,  バイオインフォマティクス
Research theme for competitive and other funds  (8):
  • 2023 - 2026 深層学習を用いたRNA二次構造情報解析の高速化
  • 2022 - 2024 大規模メタゲノムデータを用いた高精度機能未知遺伝子推定手法の開発
  • 2020 - 2023 リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明
  • 2020 - 2022 逆イジングモデル法に基づく機能未知な微生物遺伝子の機能推定
  • 2019 - 2022 統計的論理関係解析法に基づく機能未知遺伝子の機能推定
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Papers (34):
  • Tsukasa Fukunaga, Takako Ogawa, Wataru Iwasaki, Kintake Sonoike. Phylogenetic Profiling Analysis of the Phycobilisome Revealed a Novel State-Transition Regulator Gene in Synechocystis sp. PCC 6803. Plant & cell physiology. 2024
  • Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada. DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning. Frontiers in Bioinformatics. 2023. 3
  • Motoyo Maruyama, Atsushi Sakai, Tsukasa Fukunaga, Yoshitaka Miyagawa, Takashi Okada, Michiaki Hamada, Hidenori Suzuki. Neat1 lncRNA organizes the inflammatory gene expressions in the dorsal root ganglion in neuropathic pain caused by nerve injury. Frontiers in Immunology. 2023. 14
  • Hitoshi Iuchi, Junna Kawasaki, Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga, Koki Hokao, Gentaro Yokoyama, Akiko Ichinose, Kanta Suga, Michiaki Hamada. Bioinformatics approaches for unveiling virus-host interactions. Computational and structural biotechnology journal. 2023. 21. 1774-1784
  • Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada. Web Services for RNA-RNA Interaction Prediction. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 2023. 2586. 175-195
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Books (1):
  • バイオインフォマティクスのための生命科学入門 (バイオインフォマティクスシリーズ 1)
    コロナ社 2022 ISBN:4339027316
Lectures and oral presentations  (6):
  • RNA構造解析/比較ゲノム解析による機能未知遺伝子の機能推定
    (京都大学医生物学研究所 「物理学・情報科学と生物学」研究会 2024)
  • フィコビリソームの系統プロファイル解析により明らかになった新規ステート遷移制御遺伝子
    (2023年度ラン藻ゲノム交流会 2023)
  • 高性能系統プロファイル法による機能未知遺伝子の機能推定
    (第11回生命医薬情報学連合大会 2022)
  • 次世代のRNA情報学を基盤としたトランスクリプトーム解析
    (早稲田大学 BINDS発現機能インシリコ融合ユニットキックオフシンポジウム 2022)
  • The inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling
    (第10回生命医薬情報学連合大会 2021)
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Education (2):
  • 2011 - 2016 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻
  • 2007 - 2011 The University of Tokyo Faculty of Science Undergraduate Program for Bioinformatics and Systems Biology
Professional career (1):
  • Ph. D. (The University of Tokyo)
Work history (7):
  • 2023/04 - 現在 Waseda University Institue for Advanced Study
  • 2021/04 - 2023/03 Waseda University
  • 2017/10 - 2021/03 Waseda University Research Institute for Science and Engineering
  • 2017/10 - 2021/03 The University of Tokyo
  • 2018/02 - 2019/03 Osaka University
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Committee career (7):
  • 2024/04 - 現在 IPSJ Transactions on Bioinformatics 編集委員
  • 2024/04 - 現在 日本バイオインフォマティクス学会 幹事
  • 2024/04 - 現在 日本バイオインフォマティクス学会 理事
  • 2023/07 - 現在 Frontiers in Bioinformatics Review Editor
  • 2023/04 - 現在 情報処理学会 バイオ情報学研究会運営委員
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Awards (4):
  • 2024/08 - Oxford journals-JSBi Prize Function estimation of the function-unknown genes through RNA structural analysis and comparative genomic analysis
  • 2021 - 第十回生命医薬情報学連合大会 優秀口頭発表賞 The inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling
  • 2020 - 第九回生命医薬情報学連合大会 ポスター賞 統計的有意性を担保可能な系列パターンマイニングに基づく配列モチーフ検出ソフトウェアの開発
  • 2016 - 第五回生命医薬情報学連合大会 ポスター賞 RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis.
Association Membership(s) (5):
JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS ,  日本植物生理学会 ,  日本ゲノム微生物学会 ,  情報処理学会 ,  日本RNA学会
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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