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J-GLOBAL ID：201602209060382607   Reference number：16A0300279

Methods for analyzing next-generation sequencing data VI. genome assembly

次世代シーケンサーデータの解析手法 第6回 ゲノムアセンブリ

Author (6)： TANIZAWA YASUHIRO (東大 大学院新領域創成科学研究科) ,  TANIZAWA YASUHIRO (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  KAMINUMA ERI (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  NAKAMURA YASUKAZU (遺伝学研 生命情報研究セ) ,  SHIMIZU KENTARO (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  KADOTA KOJI (東大 大学院農学生命科学研究科)
Material： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
Volume： 27  Issue： 1  Page： 41-52  Publication year： Mar. 15, 2016 
JST Material Number： L3534A  ISSN： 1343-327X  Document type： Article
Article type： 解説  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *automatic analyser ,...
Semi thesaurus term： *de novo design ,...

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JST classification (2)： Molecular genetics in general  (EC02010J) ,  Molecular and genetic information processing  (JE15040B)

Reference (23)：

• 1) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24: 801-803.
• 2) Zerbino DR, Birney E. (2008) Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs. Genome Res 18: 821-829.
• 3) Nagasaki H, Mochizuki T, Kodama Y, Saruhashi S, Morizaki S, et al. (2013) DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data. DNA Res 20: 383-390.
• 4) Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M. (2015) Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260^T, a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage. BMC Genomics 16: 240.
• 5) Kajitani R, Toshimoto K, Noguchi H, Toyoda A, Ogura Y, et al. (2014) Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads. Genome Res 24: 1384-1395.

Terms in the title (3)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  ゲノムアセンブリ