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J-GLOBAL ID：201603008966213630

HLA遺伝子のDNAタイピング方法及び当該方法のデータ解析に使用するコンピュータプログラム

Inventor： 鈴木 進悟 ,  和田 有紀 ,  光永 滋樹 ,  猪子 英俊 ,  椎名 隆
Applicant, Patent owner： ジェノダイブファーマ株式会社
Agent (1)： 内田 直人
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2014116217
Publication number (International publication number)：2015228819
Application date： Jun. 04, 2014
Publication date： Dec. 21, 2015
Summary：

【課題】 超並列高速シークエンサーから得られるリード配列から迅速かつ高精度にHLAアリルを判定することのできるHLA遺伝子タイピング方法を提供する。【解決手段】 超並列高速シークエンサーから出力されるリード配列とHLAアリルの塩基配列データベースの塩基配列との類似性解析を各座位(ローカス)のエクソン毎に実施し、各エクソンについて一致するあるいは高い類似性を示すHLAアリルを抽出し、次いで当該座位の全エクソンに共通して一致するあるいは高い類似性を示すHLAアリルを抽出してマッピングのための候補アリルとする工程、候補アリルの塩基配列をリファレンス配列としてリード配列をマッピングする工程を含む、HLA遺伝子のDNAタイピング方法、及び当該方法のデータ解析に使用するコンピュータプログラム。【選択図】 図2

Claim (excerpt)：

超並列高速シークエンサーから出力されるリード配列とHLAアリルの塩基配列データベースとの類似性解析を各座位(ローカス)のエクソン毎に実施し、各エクソンについて一致するあるいは高い類似性を示すアリルを記録し、次いで当該座位の全エクソンに共通して高い類似性を示すHLAアリルを抽出して、これをマッピングのための候補アリルとする工程を含む、HLA遺伝子のDNAタイピング方法。

IPC (2)：

C12Q 1/68 ,  G06F 19/16

FI (2)：

C12Q1/68 A ,  G06F19/16

F-Term (13)：

4B024AA11 ,  4B024CA01 ,  4B024CA11 ,  4B024HA11 ,  4B063QA01 ,  4B063QA13 ,  4B063QA20 ,  4B063QQ42 ,  4B063QQ52 ,  4B063QR32 ,  4B063QR35 ,  4B063QS31 ,  4B063QS39