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J-GLOBAL ID：201702271116735116   Reference number：17A0524089

Topic model for analysis of gene expression data

遺伝子発現データ解析のためのトピックモデル

Author (3)： IWAYAMA KOJI (龍谷大 食と農の総合研) ,  NAGANO ATSUSHI (龍谷大 農) ,  NAGANO ATSUSHI (京大 生態学研究セ)
Material： 電子情報通信学会技術研究報告  (IEICE Technical Report (Institute of Electronics, Information and Communication Engineers))
Volume： 116  Issue： 500(IBISML2016 100-111)  Page： 77-82  Publication year： Feb. 27, 2017 
JST Material Number： S0532B  ISSN： 0913-5685  Document type： Proceedings
Article type： 原著論文  Country of issue： Japan (JPN)  Language： JAPANESE (JA)

Thesaurus term： *gene expression ,...
Semi thesaurus term： topic model ,...

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JST classification (3)： Molecular and genetic information processing  (JE15040B) ,  Natural language processing  (JE06000L) ,  Numerical computation  (JE02000J)

Reference (9)：

• Z. Wang, M. Gerstein and M. Snyder: ′′Rna-seq: a revolutionary tool for transcriptomics′′, Nature Reviews Genetics, 10, 1, pp.57-63 (2009).
• D. M. Blei, A. Y. Ng and M. I. Jordan: ′′Latent dirichlet allocation′′, Journal of Machine Learning Research, 3, pp.993-1022 (2003).
• D. A. DuVerle, S. Yotsukura, S. Nomura, H. Aburatani and K. Tsuda: ′′CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data′′, BMC Bioinformatics, 17, 1, p.363 (2016).
• J. Eisenstein, A. Ahmed and E. P. E. Xing: ′′Sparse additive generative models of text′′, Proceedings of the 28th International Conference on Machine Learning (ICML-11), pp.1041-1048 (2011).
• ′′Finding scientific topics.′′, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101, suppl 1, pp.5228-5235 (2004).

Terms in the title (3)： 遺伝子発現データ ,  解析 ,  トピックモデル