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J-GLOBAL ID：201703015355140810

トランスクリプトームを用いた、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法

Inventor： 緒方 法親 ,  古崎 利紀 ,  岩淵 喜久男
Applicant, Patent owner： 緒方 法親
Agent (1)： 特許業務法人アイ・ピー・ウィン
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2017026967
Publication number (International publication number)：2017079800
Application date： Feb. 16, 2017
Publication date： May. 18, 2017
Summary：

【課題】任意の実験区から得られたトランスクリプトームデータについて、DEG抽出やパスウェイ解析にかけるべき対象かどうかを客観的な基準で判断するための方法を提供すること。【解決手段】トランスクリプトームデータから得られる各遺伝子の発現量Pik及び下記式(I)又は(II)に基づいて算出されるHk又はSkの値を用いて、実験区を選定する。 (I):Sk = Σ(Pik-a) 但し、Pik Claim (excerpt)：

発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区の選定方法であって、 (1)各実験区及びコントロール区に対応するトランスクリプトームデータから各遺伝子の発現頻度Pikを算出する工程と、 (2)下記式(II)に基づいて各実験区及びコントロール区に対応するHkの値を算出する工程と、 (II):Hk = -Σ(Pik・logPik) 但し、Pik=0の場合を除く (3)前記Hkの値に従って、後続の発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける実験区を選定する工程と、 を備え、 各実験区における同一実験区のデータセット数nが、いずれも3以上であり、 前記(3)の工程おいては、前記Hkの値についてt検定を行い、前記t検定におけるp値が0.05以上となる実験区及びコントロール区の組合せを、発現変動遺伝子抽出又はパスウェイ解析にかける対象として選定することを特徴とする実験区の選定方法。

IPC (2)：

C12N 15/09 ,  C12Q 1/68

FI (2)：

C12N15/00 A ,  C12Q1/68 A

F-Term (9)：

4B063QA20 ,  4B063QQ05 ,  4B063QQ53 ,  4B063QR36 ,  4B063QR55 ,  4B063QR74 ,  4B063QS34 ,  4B063QS39 ,  4B063QX01

Article cited by the Patent：

Cited by applicant (2)

• BMC Bioinformatics, 2006年, Vol.7, No.294, p.1-9
• Clin. Lab. Med., 2008年, Vol.28, No.1, p.127-143

Cited by examiner (2)

• BMC Bioinformatics, 2006年, Vol.7, No.294, p.1-9
• Clin. Lab. Med., 2008年, Vol.28, No.1, p.127-143