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J-GLOBAL ID：201801010434644023   Update date: Nov. 14, 2024

Yamashita Takefumi

Yamashita Takefumi
Affiliation and department：
Hoshi University

About Hoshi University


Other affiliations (1)：
Research field  (6)： Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Structural biochemistry ,  Basic physical chemistry ,  Molecular biochemistry ,  Structural and functional materials ,  Computational science
Research keywords  (1)： molecular dynamics
Research theme for competitive and other funds  (9)：
  • 2021 - 2025 1細胞計測に基づく細胞モデルとそれに基づく形態形成の理論の開発
  • 2020 - 2023 Optimization of pretargeted alpha therapy for multiple types of cancer
  • 2018 - 2023 Dynamics of protein-protein interface: Development of analysis methods based on machine learning and MD simulation
  • 2016 - 2023 Theoretical elucidation of dynamical solvent effects in controling chemical reactions
  • 2015 - 2020 Development of Molecular Dynamics Classification Theories for Life Science and Drug Design
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Papers (60)：
  • Li Ye, Takayuki Furuishi, Takefumi Yamashita, Etsuo Yonemochi. Characterization and Crystal Structural Analysis of Novel Carvedilol Adipate and Succinate Ethanol-Solvated Salts. Molecules (Basel, Switzerland). 2024. 29. 19
  • Syeda Rubaiya Nasrin, Takefumi Yamashita, Mitsunori Ikeguchi, Takayuki Torisawa, Kazuhiro Oiwa, Kazuki Sada, Akira Kakugo. Tensile Stress on Microtubules Facilitates Dynein-Driven Cargo Transport. Nano letters. 2024. 24. 30. 9129-9136
  • Senjuti Nowroz, Syeda Rubaiya Nasrin, Arif Md Rashedul Kabir, Takefumi Yamashita, Tomoichiro Kusumoto, Junichi Taira, Marie Tani, Masatoshi Ichikawa, Kazuki Sada, Akira Kakugo. Role of tubulin C-terminal tail on mechanical properties of microtubule. Biochemical and biophysical research communications. 2024. 706. 149761-149761
  • Kazuhiro Miyanabe, Takefumi Yamashita, Kouhei Tsumoto. Thermodynamic and molecular dynamic insights into how fusion influences peptide-tag recognition of an antibody. Scientific reports. 2024. 14. 1. 8685-8685
  • Takefumi Yamashita. A molecular dynamics study on the PD-1-Nivolumab interaction: Roles of the N-terminal loop and N58-glycosylation of PD-1. AIP Conference Proceedings. 2024. 3030. 1
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MISC (78)：
  • 佐藤瑠莉, 村松駿, 加藤里佳, 小川紗季, 井上元基, 古石誉之, 山下雄史, 米持悦生. アルギニンとアスパラギンによる分子複合体の製剤用結合剤に与える主薬物性の影響. 日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM). 2024. 39th
  • 川村猛, 中村有子, 近岡洋子, 中山綾, 福田暁子, 紅露拓, 辻嘉代子, WEI Feifei, 長岡孝治, 田中浩揮, et al. Neoantigen discovery by immunopeptidomics for mRNA cancer vaccines. 日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集. 2024. 2024 (Web)
  • 小林千夏, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生. 分子動力学法を用いたトコフェルソラン固体分散体中の薬物の分散状態および分子間相互作用の評価. 日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM). 2023. 67th
  • 市川高弘, LI Ye, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 山下雄史, 米持悦生. ファモチジンの新規複合体作製と計算科学を用いた安定性の評価. 日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM). 2023. 67th
  • 叶麗, 内海洋平, 古石誉之, 山下雄史, 米持悦生. Physicochemical property evaluations of carvedilol adipate ethanol solvate and carvedilol succinate ethanol solvate. 日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM). 2023. 67th
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Patents (5)：
Lectures and oral presentations  (85)：
  • Molecular Dynamics Simulation for Biological and Material polymers
    (International Congress on Pure & Applied Chemistry (ICPAC) 2022 2022)
  • A molecular dynamics study on the antigen-antibody interface: Toward rational antibody drug design
    (2022)
  • Properties of the Protein-Protein Interface Revealed by Molecular dynamics Simulations
    (18th International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (QS symposium of ICCMSE 2022) 2022)
  • MDシミュレーションで考える抗原-抗体界面における塩橋の役割:合理的な抗体設計に向けて
    (日本蛋白質科学会学会年会 ワークショップ:「富岳」時代の計算蛋白質科学 2022)
  • 結合自由エネルギーの定量的予測と分子設計のための構造モチーフ探索
    (CBI学会第432回講演会「結合自由エネルギー計算は創薬研究戦略を変えるか」 2022)
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Education (3)：
  • 1998 - 2004 Kyoto University Graduate School of Science
  • 1996 - 1998 Kyoto University Graduate School of Science
  • 1992 - 1996 Kyoto University Faculty of Science
Professional career (1)：
  • 博士(理学) (京都大学)
Work history (7)：
  • 2023/04 - 現在 Hoshi University
  • 2011/01 - 現在 The University of Tokyo Research Center for Advanced Science and Technology
  • 2010/04 - 2010/12 シカゴ大学 化学科 G.A.Voth研究室 博士研究員
  • 2008/04 - 2010/03 ユタ大学 化学科 G.A.Voth研究室 博士研究員
  • 2007/04 - 2008/03 ユタ大学 化学科 G.A.Voth研究室 日本学術振興会特別研究員
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※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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