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J-GLOBAL ID:201801010953174492   Update date: Apr. 20, 2025

Shimpei Kubota

Shimpei Kubota
Affiliation and department:
Research field  (3): Pharmacology ,  Experimental pathology ,  Systems genomics
Research keywords  (2): 合成生物学 ,  Tissue clearing
Research theme for competitive and other funds  (4):
  • 2022 - 2025 微小炎症ネットワークの解明に資する全身全細胞解析技術の開発
  • 2020 - 2022 Whole-body/organ pathology of cancer microenvironment
  • 2022 - 全身全細胞解析技術を用いた微小炎症制御機構の解明
  • 2018 - 2019 治療抵抗性獲得機序の解明に資する全身がん病態可視化技術の開発
Papers (23):
  • Bo Yi, Hiroyuki Yatabe, Daichi M Sakamoto, Iori Tamura, Yutaro Saito, Naoki Yamada, Ruki Ashikaga, Masafumi Kuroda, Shimpei I Kubota, Kazuki Tainaka, et al. Imaging Heterogeneous Patterns of Aminopeptidase N Activity in Hierarchical Tissue Structures Through High-Resolution Whole-Organ 3D Mapping. Angewandte Chemie (International ed. in English). 2025. e202504668
  • Iori Tamura, Daichi M Sakamoto, Bo Yi, Yutaro Saito, Naoki Yamada, Jumpei Morimoto, Yoichi Takakusagi, Masafumi Kuroda, Shimpei I Kubota, Hiroyuki Yatabe, et al. Click3D: Click reaction across deep tissues for whole-organ 3D fluorescence imaging. Science advances. 2024. 10. 29. eado8471
  • Ryutaro Furukawa, Masaki Kuwatani, Jing-Jing Jiang, Yuki Tanaka, Rie Hasebe, Kaoru Murakami, Kumiko Tanaka, Noriyuki Hirata, Izuru Ohki, Ikuko Takahashi, et al. GGT1 is a SNP eQTL gene involved in STAT3 activation and associated with the development of Post-ERCP pancreatitis. Scientific reports. 2024. 14. 1. 12224-12224
  • Seiichiro Naito, Hiroki Tanaka, Jing-Jing Jiang, Masato Tarumi, Ari Hashimoto, Yuki Tanaka, Kaoru Murakami, Shimpei I. Kubota, Shintaro Hojyo, Shigeru Hashimoto, et al. DDX6 is involved in the pathogenesis of inflammatory diseases via NF-κB activation. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2024. 703. 149666-149666
  • Daichi M. Sakamoto, Iori Tamura, Bo Yi, Sho Hasegawa, Yutaro Saito, Naoki Yamada, Yoichi Takakusagi, Shimpei I. Kubota, Minoru Kobayashi, Hiroshi Harada, et al. Whole-Body and Whole-Organ 3D Imaging of Hypoxia Using an Activatable Covalent Fluorescent Probe Compatible with Tissue Clearing. ACS Nano. 2024. 18. 6. 5167-5179
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MISC (21):
Lectures and oral presentations  (8):
  • 組織透明化関連で自動化できたらいいなと思っていること
    (ラボラトリーオートメーション月例勉強会 2023)
  • 光シート顕微鏡を用いた三次元病理学解析
    (光シート顕微鏡ワークショップ 2022)
  • 組織透明化技術を基盤とした三次元病理学解析
    (異分野融合研究セミナー iSeminar 2022)
  • 組織透明化による一細胞解像度での病理学解析
    (第81回日本癌学会 2022)
  • ゲートウェイ反射による組織特異的な炎症性疾患の誘導機構
    (第102回 北海道医学大会 病理分科会 2022)
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Professional career (1):
  • doctoral (The University of Tokyo)
Work history (7):
  • 2024/02 - 現在 Nagoya University
  • 2021/05 - 2024/01 Hokkaido University Institute for Genetic Medicine
  • 2020/04 - 2021/04 The University of Tokyo
  • 2017/04 - 2020/03 東京大学医学系研究科 分子病理学分野 日本学術振興会 特別研究員
  • 2014/04 - 2017/03 東京大学医学系研究科 システムズ薬理学教室 日本学術振興会 特別研究員
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Awards (12):
  • 2023/04 - 文部科学省 令和5年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞 全身全細胞解析に資する組織透明化手法の研究
  • 2021/10 - 一般財団法人 エヌエフ基金 2021年度 研究開発奨励賞 組織透明化手法の開発による神経-免疫連関機構の計測
  • 2019/03 - 花王芸術・科学財団 平成31年度花王科学奨励賞
  • 2018/05 - Kiyoko and Paul Bourdarie-Goto Scientific Prize-Special Award
  • 2018/03 - 細胞ダイバース第一回若手ワークショップ 最優秀発表賞
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※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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