Shimpei Kubota

Affiliation and department：

Research field (3)： Pharmacology , Experimental pathology , Systems genomics

Research keywords (2)：合成生物学 , Tissue clearing

Research theme for competitive and other funds (4)：

2022 - 2025 微小炎症ネットワークの解明に資する全身全細胞解析技術の開発
2020 - 2022 Whole-body/organ pathology of cancer microenvironment
2022 - 全身全細胞解析技術を用いた微小炎症制御機構の解明
2018 - 2019 治療抵抗性獲得機序の解明に資する全身がん病態可視化技術の開発

Papers (23)：

Bo Yi, Hiroyuki Yatabe, Daichi M Sakamoto, Iori Tamura, Yutaro Saito, Naoki Yamada, Ruki Ashikaga, Masafumi Kuroda, Shimpei I Kubota, Kazuki Tainaka, et al. Imaging Heterogeneous Patterns of Aminopeptidase N Activity in Hierarchical Tissue Structures Through High-Resolution Whole-Organ 3D Mapping. Angewandte Chemie (International ed. in English). 2025. e202504668
Iori Tamura, Daichi M Sakamoto, Bo Yi, Yutaro Saito, Naoki Yamada, Jumpei Morimoto, Yoichi Takakusagi, Masafumi Kuroda, Shimpei I Kubota, Hiroyuki Yatabe, et al. Click3D: Click reaction across deep tissues for whole-organ 3D fluorescence imaging. Science advances. 2024. 10. 29. eado8471
Ryutaro Furukawa, Masaki Kuwatani, Jing-Jing Jiang, Yuki Tanaka, Rie Hasebe, Kaoru Murakami, Kumiko Tanaka, Noriyuki Hirata, Izuru Ohki, Ikuko Takahashi, et al. GGT1 is a SNP eQTL gene involved in STAT3 activation and associated with the development of Post-ERCP pancreatitis. Scientific reports. 2024. 14. 1. 12224-12224
Seiichiro Naito, Hiroki Tanaka, Jing-Jing Jiang, Masato Tarumi, Ari Hashimoto, Yuki Tanaka, Kaoru Murakami, Shimpei I. Kubota, Shintaro Hojyo, Shigeru Hashimoto, et al. DDX6 is involved in the pathogenesis of inflammatory diseases via NF-κB activation. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2024. 703. 149666-149666
Daichi M. Sakamoto, Iori Tamura, Bo Yi, Sho Hasegawa, Yutaro Saito, Naoki Yamada, Yoichi Takakusagi, Shimpei I. Kubota, Minoru Kobayashi, Hiroshi Harada, et al. Whole-Body and Whole-Organ 3D Imaging of Hypoxia Using an Activatable Covalent Fluorescent Probe Compatible with Tissue Clearing. ACS Nano. 2024. 18. 6. 5167-5179

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MISC (21)：

久保田晋平, 高橋恵生, 田井中一貴, 江幡正悟, 上田泰己, 宮園浩平. Whole-organ pathological profiling with single-cell resolution. 日本病理学会会誌. 2021. 110. 1
竹山春子, 細川正人. シングルセル解析でなにがわかるか. 組織透明化を用いた全身全細胞解析の最前線. 2020
久保田晋平, 高橋恵生, 西田純, 江幡正悟, 宮園浩平. Whole-organ quantitative analysis of cancer metastasis with single cell resolution. 日本癌学会学術総会抄録集(Web). 2020. 79th
Shimpei I. Kubota, Takahashi Kei, Nishida Jun, Ehata Shogo, Tanaka Kabuki, Ueda Hiroki R., Miyazono Kohei. Whole-organ profiling of cancer metastasis by tissue clearing and light-sheet fluorescent microscopy. Proceedings for Annual Meeting of The Japanese Pharmacological Society. 2020. 93. 0. 1-YIA-16
高橋和樹, 井上カタジナアンナ, 戒田篤志, 高橋恵生, 久保田晋平, 須河内昭成, 内橋俊大, 田中晋, 古郷幹彦, 三浦雅彦, et al. TGF-βにより細胞周期が停止した口腔扁平上皮がん細胞の運動能ならびに転移能は亢進する(TGF-β-induced cell cycle arrest is associated with increased migration and metastasis of oral squamous carcinoma cells). 日本癌学会総会記事. 2019. 78回. J-3010

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Lectures and oral presentations (8)：

組織透明化関連で自動化できたらいいなと思っていること
(ラボラトリーオートメーション月例勉強会 2023)
光シート顕微鏡を用いた三次元病理学解析
(光シート顕微鏡ワークショップ 2022)
組織透明化技術を基盤とした三次元病理学解析
(異分野融合研究セミナー iSeminar 2022)
組織透明化による一細胞解像度での病理学解析
(第81回日本癌学会 2022)
ゲートウェイ反射による組織特異的な炎症性疾患の誘導機構
(第102回北海道医学大会病理分科会 2022)

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Professional career (1)：

doctoral (The University of Tokyo)

Work history (7)：

2024/02 - 現在 Nagoya University
2021/05 - 2024/01 Hokkaido University Institute for Genetic Medicine
2020/04 - 2021/04 The University of Tokyo
2017/04 - 2020/03 東京大学医学系研究科分子病理学分野日本学術振興会特別研究員
2014/04 - 2017/03 東京大学医学系研究科システムズ薬理学教室日本学術振興会特別研究員

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Awards (12)：

2023/04 - 文部科学省令和5年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞全身全細胞解析に資する組織透明化手法の研究
2021/10 - 一般財団法人エヌエフ基金 2021年度研究開発奨励賞組織透明化手法の開発による神経-免疫連関機構の計測
2019/03 - 花王芸術・科学財団平成31年度花王科学奨励賞
2018/05 - Kiyoko and Paul Bourdarie-Goto Scientific Prize-Special Award
2018/03 - 細胞ダイバース第一回若手ワークショップ最優秀発表賞

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※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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