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J-GLOBAL ID：201801014542014619   Update date: Nov. 26, 2024

Harada Ryuhei

Harada Ryuhei
Affiliation and department：
筑波大学 計算科学研究センター

About 筑波大学 計算科学研究センター


Job title： 准教授
Research field  (4)： Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Biophysics ,  Biological, health, and medical informatics ,  Computational science
Research keywords  (19)： 生物物理学 ,  ソフトマターの物理 ,  非平衡物理 ,  タンパク質・核酸 ,  物理化学 ,  理論化学 ,  化学物理 ,  自由エネルギー地形 ,  計算化学 ,  バイオインフォマティクス ,  レアイベントサンプリング ,  機械学習 ,  インシリコ創薬 ,  受容体 ,  液-液相分離 ,  膜透過 ,  エピジェネティクス ,  核膜輸送 ,  分散型計算
Research theme for competitive and other funds  (28)：
  • 2023 - 2026 Rubiscoを改良する構造的要因の決定
  • 2023 - 2025 タンパク質の複合体と相互作用を高精度に計測する計算技術の開発
  • 2024 - 2025 分子間相互作用から疾患原因を推定する異常検知システムの構築
  • 2023 - 2025 拡張サンプリング手法 (PaCS-MD, OFLOOD等) を用いた論理的創薬手法に関する研究
  • 2024 - 2025 In Silico Guided Therapeutic Antibody Design by Integrating Molecular Simulation and Deep Learning
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Papers (105)：
  • Kohei Yoneda, Chinatsu Kobayashi, Hiroya Araie, Rikuri Morita, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Hirotoshi Endo, Yoshiaki Maeda, Iwane Suzuki. Characterization of Delta-7 Alkenone Desaturase in Haptophytes Emiliania Huxleyi Through the Heterologous Expression in Tisochrysis Lutea. Algal Research, to be submitted. 2024
  • Melvalia Cristin Manik, Kikrusenuo Kiewhuo, Thanyada Rungrotmongkol, Lian Duan, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Kowit Hengphasatporn, Nitchakan Darai, Alisa Vangnai. Rational Designed and Engineered Antimicrobial Peptides with High Selectivity and Efficiency Against Phytopathogenic Ralstonia Solanecearum. 2024. to be submitted
  • Miyabi Endo, Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Tomoaki Mizuno, Kenji Irie, Ryuhei Harada. Phosphorylation on the N-terminal in Hmt1 Enhances Dimerization by Exposing the Binding Surface. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics,. 2024. Manuscript Prot-00427-2024, under review
  • Silpsiri Sinsulpsiri, Yuji Nishii, Qing-Feng Xu-Xu, Masahiro Miura, Patcharin Wilasluck, Kanokwan Salamteh, Peerapon Deetanya, Kittikhun Wangkanon, Aphinya Suroengri, Siwaporn Boonyasuppayakorn, et al. Unveiling the Antiviral Inhibitory Activity of Ebselen and Ebsulfur Derivatives on SARS-CoV-2 Using Machine Learning-based QSAR, LB-PaCS-MD, and Experimental Assay. 2024. Submission ID: 656b9963-57b8-45bd-be24-c14c17c0bb6b, under review
  • Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada. BEMM-GEN: A Tool for Generating a Biomolecular Environment Mimicking Model for Molecular Dynamics Simulation. Journal of Chemical Information and Modeling. 2024. 64. 19. 7184-7188
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MISC (2)：
  • 原田 隆平. みらいぶっく 「今まさに取り組まれている研究」. 河合塾. 2024
  • 原田 隆平. 研究者に聞く - 計算機の顕微鏡で生体分子の「形」と「動き」を解き明かす (筑波大学計算科学研究センター広報記事). 2020
Patents (2)：
  • 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
  • Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Lectures and oral presentations  (51)：
  • 生体機能を紐解く新しい分子シミュレーション手法の開発
    (筑波ミニワークショップ 「計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線」 2024)
  • 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
    (第453回 CBI学会講演会 2024)
  • 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
    (自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024)
  • 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
    (2023年度 理論化学研究会 2023)
  • 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
    (日本コンピューター化学会秋季年会 2023)
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Education (3)：
  • 2008 - 2011 The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Physics
  • 2006 - 2008 The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Physics
  • 2003 - 2006 Keio University Faculty of Science and Technology Department of Physics
Professional career (3)：
  • Ph.D. (The University of Tokyo)
  • M. Sc. (The University of Tokyo)
  • B.S (Keio University)
Work history (5)：
  • 2019/02 - 現在 University of Tsukuba Center for Computational Sciences
  • 2018/04 - 2019/01 University of Tsukuba Center for Computational Sciences
  • 2015/04 - 2018/03 日本学術振興会 特別研究員 PD
  • 2014/04 - 2015/03 University of Tsukuba Center for Computational Sciences
  • 2011/04 - 2014/03 理化学研究所 計算科学研究機構 特別研究員
Committee career (9)：
  • 2022/01 - 現在 American Chemical Society, Journal of Chemical Information and Modeling Editorial Advisory Board
  • 2020/04 - 現在 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
  • 2019/04 - 現在 筑波大学 筑波大学大学院 理工情報生命学術院/生命環境科学研究科 生命地球科学研究群/生物科学専攻 生物学学位プログラム 早期修了委員
  • 2021/01 - 2024/12 分子シミュレーション学会 学会誌「アンサンブル」編集委員
  • 2023/10 - 2024/09 第26回理論化学討論会 実行委員
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Awards (30)：
  • 2024/10 - MOLSIS-CCG GRANT
  • 2024/06 - UBE学術振興財団 援助金
  • 2024/06 - UBE学術振興財団 学術奨励賞
  • 2024/04 - G-7奨学財団 令和6年度 研究開発助成事業 定期公募(IT)
  • 2024/04 - 豊田理化学研究所 豊田理研スカラー(Phase1)
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Association Membership(s) (6)：
THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN ,  THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN ,  日本生物物理学会 ,  THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN ,  日本薬学会 ,  PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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