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J-GLOBAL ID：201801014542014619   Update date: Apr. 22, 2024

Harada Ryuhei

Harada Ryuhei
Affiliation and department：
筑波大学 計算科学研究センター

About 筑波大学 計算科学研究センター


Job title： 准教授
Research field  (4)： Bio-, chemical, and soft-matter physics ,  Biophysics ,  Biological, health, and medical informatics ,  Computational science
Research keywords  (19)： 生物物理学 ,  ソフトマターの物理 ,  非平衡物理 ,  タンパク質・核酸 ,  物理化学 ,  理論化学 ,  化学物理 ,  自由エネルギー地形 ,  計算化学 ,  バイオインフォマティクス ,  レアイベントサンプリング ,  機械学習 ,  インシリコ創薬 ,  受容体 ,  液-液相分離 ,  膜透過 ,  エピジェネティクス ,  核膜輸送 ,  分散型計算
Research theme for competitive and other funds  (24)：
  • 2023 - 2026 Rubiscoを改良する構造的要因の決定
  • 2024 - 2025 公益財団法人 UBE学術振興財団 援助金
  • 2024 - 2025 疾患原因につながる相互作用を特定する異常検知システムの開発
  • 2024 - 2025 分子凝集をトリガーとする酵素阻害の現象解明と新規創薬分野への展開
  • 2024 - 2025 タンパク質の複合体と相互作用を高精度に計測する計算技術の開発
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Papers (98)：
  • Siwaporn Boonyasuppayakorn, Aphinya Suroengri, Van Cao, Patcharin Wilasluck, Peerapon Deetanya, Kittikhun Wangkanon, Kowit Hengphasatporn, Ryuhei Harada, Supakarn Chamni, Asada Leelahavanichkul, et al. Alpha and Gamma Mangostins Effectively Inhibited Wild-Type B SARS-CoV-2 and Should Integratively Target Multiple Viral and Host Proteins. Heliyon,. 2024. Manuscript Number: HELIYON-D-24-12502, under review
  • Borwornlak Toopradab, Wanting Xie, Lian Duan, Kowit Hengphasatporn, Ryuhei Harada, Silpsiri Sinsulpsiri, Yasuteru Shigeta, Liyi Shi, Phornphimon Maitarad, Thanyada Rungrotmongkol. CommunicationMachine Learning-Based QSAR and LB-PaCS-MD Guided Design of SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,. 2024. Manuscript Number: BMCL-D-24-00140, under review
  • Genki Kudo, Takumi Hirao, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Taketsugu Hirokawa, Ryunosuke Yoshino. Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search. Journal of Chemical Information and Modeling,. 2024. Manuscript ID: ci-2024-00646j, under review
  • Takunori Yasuda, Rikuri Morita, Yasuteru Shigeta, Ryuhei Harada. Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-helix During Co-Translational Folding. JACS Au,. 2024. Manuscript ID: au-2024-00327b, under review
  • Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase. The Journal of Physical Chemistry Letters,. 2024. Manuscript ID: jz-2024-00514funder revision
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MISC (2)：
  • 原田 隆平. みらいぶっく 「今まさに取り組まれている研究」. 河合塾. 2024
  • 原田 隆平. 研究者に聞く - 計算機の顕微鏡で生体分子の「形」と「動き」を解き明かす (筑波大学計算科学研究センター広報記事). 2020
Lectures and oral presentations  (50)：
  • 中分子創薬を革新する分子シミュレーション手法の開発
    (第453回 CBI学会講演会 2024)
  • 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法の開発と応用
    (自然科学研究機構 計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ 2023 2024)
  • 生体分子の機能解析を実現する分子シミュレーション手法の開発
    (2023年度 理論化学研究会 2023)
  • 化合物の結合と膜透過プロセスを紐解くレアイベントサンプリング法の開発
    (日本コンピューター化学会秋季年会 2023)
  • Integrated AI-based Modeling and Flexible Docking for Protein-RNA Complexes Refinement
    (The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2023)
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Education (3)：
  • 2008 - 2011 The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Physics
  • 2006 - 2008 The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Physics
  • 2003 - 2006 Keio University Faculty of Science and Technology Department of Physics
Professional career (3)：
  • Ph.D. (The University of Tokyo)
  • M. Sc. (The University of Tokyo)
  • B.S (Keio University)
Work history (5)：
  • 2019/02 - 現在 University of Tsukuba Center for Computational Sciences
  • 2018/04 - 2019/01 University of Tsukuba Center for Computational Sciences
  • 2015/04 - 2018/03 日本学術振興会 特別研究員 PD
  • 2014/04 - 2015/03 University of Tsukuba Center for Computational Sciences
  • 2011/04 - 2014/03 理化学研究所 計算科学研究機構 特別研究員
Committee career (9)：
  • 2022/01 - 現在 American Chemical Society, Journal of Chemical Information and Modeling Editorial Advisory Board
  • 2020/04 - 現在 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
  • 2019/04 - 現在 筑波大学 筑波大学大学院 理工情報生命学術院/生命環境科学研究科 生命地球科学研究群/生物科学専攻 生物学学位プログラム 早期修了委員
  • 2021/01 - 2024/12 分子シミュレーション学会 学会誌「アンサンブル」編集委員
  • 2023/10 - 2024/05 第26回 理論化学討論会 実行委員
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Awards (29)：
  • 2024/06 - UBE学術振興財団 援助金
  • 2024/06 - UBE学術振興財団 学術奨励賞
  • 2024/04 - G-7奨学財団 令和6年度 研究開発助成事業 定期公募(IT)
  • 2024/04 - 豊田理化学研究所 豊田理研スカラー(Phase1)
  • 2024/04 - 島津科学技術振興財団 研究開発助成
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Association Membership(s) (6)：
THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN ,  THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN ,  日本生物物理学会 ,  THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN ,  日本薬学会 ,  PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
※ Researcher’s information displayed in J-GLOBAL is based on the information registered in researchmap. For details, see here.

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