- 2024 - 2029 イネと雑穀の関係史ー縄文から近世までの古ゲノム分析から読み解く穀物の利用と進化
- 2024 - 2029 A Thousand-Year Family Tree of the Ubayama Jomon Shell Mound: Deciphering from Osteoarchaeology and DNA Analysis
- 2024 - 2027 実証的研究で明らかにする江戸の歯科学
- 2022 - 2027 Interdiciplinery study on dispersal and adaptation of the Late Paleolithic Homo sapiens in Okinawa Islands
- 2024 - 2026 異なる墓制を持つ弥生時代遺跡出土人骨の集団ゲノム解析:先史社会構造の復元
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- 2021 - 2025 半定住狩猟採集民の社会組織と葬制:骨考古学先端技術との連携による先史社会の復元
- 2020 - 2025 縄文家族論の新展開:廃屋墓出土人骨群の血縁関係と埋葬過程の解明
- 2021 - 2024 Ancient genomics study on histories of crop species utilization in Jananese Archiperago
- 2019 - 2024 集団の拡散と文明形成に伴う遺伝的多様性と身体的変化の解明
- 2021 - 2023 古ゲノム分析による日本列島の穀物利用史の解明
- 2021 - 2023 日本列島後期更新世、縄文早期ならびに前期古人骨の核ゲノム
- 2020 - 2023 列島日本人形成の解明:旧石器時代人のゲノム分析
- 2017 - 2021 中国及びネパール高地における適応と肥満、糖尿病とヒト腸内細菌多様性に関する研究
- 2017 - 2021 テオティワカン「石柱の広場」複合体の発掘調査
- 2017 - 2020 本土日本人の起源の解明:弥生時代人のゲノム分析
- 2017 - 2020 先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析
- 2019 - 集団の拡散と文明形成に伴う遺伝的多様性と身体的変化の解明
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