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J-GLOBAL ID：202001014526765556
Update date: May. 11, 2024
Yamada Takahiro
やまだ たかひろ | Yamada Takahiro
Affiliation and department：
Job title：
Postdoctoral Fellow
Homepage URL (1)：
https://scholar.google.com/citations?hl=ja&user=72AQxi4AAAAJ
Research field (1)：
Systems genomics
Research keywords (3)：
Desiccation tolerance
, Gene Regulatory Network
, Systems Biology
Research theme for competitive and other funds (3)：
- 2022 - 2026 表面弾性波を用いたin situ波形測定による細胞組織の成熟評価AIシステムの構築
- 2019 - 2022 Efficient maturation of 3D tissues in vitro by intelligent mechanical stimuli
- 2019 - 2021 Development of a highly accurate method for inferring gene regulatory networks that can withstand an increase in the number of genes
Papers (27)：
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Gaku Sato, Saki Kinoshita, Takahiro G. Yamada, Satoshi Arai, Tetsuya Kitaguchi, Akira Funahashi, Nobuhide Doi, Kei Fujiwara. Metabolic Tug-of-War between Glycolysis and Translation Revealed by Biochemical Reconstitution. ACS Synthetic Biology. 2024
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Anna Niarakis, Marek Ostaszewski, Alexander Mazein, Inna Kuperstein, Martina Kutmon, Marc E. Gillespie, Akira Funahashi, Marcio Luis Acencio, Ahmed Hemedan, Michael Aichem, et al. Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches. Frontiers in Immunology. 2024. 14
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Shohei Tada, Yoshitaka Yamazaki, Kazunori Yamamoto, Ken Fujii, Takahiro G. Yamada, Noriko F. Hiroi, Akatsuki Kimura, Akira Funahashi. Switching from weak to strong cortical attachment of microtubules accounts for the transition from nuclear centration to spindle elongation in metazoans. Heliyon. 2024. 10. 3. e25494-e25494
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Chikahiro Imashiro, Yangyan Jin, Motoaki Hayama, Takahiro G. Yamada, Akira Funahashi, Katsuhisa Sakaguchi, Shinjiro Umezu, Jun Komotori. Titanium Culture Vessel Presenting Temperature Gradation for the Thermotolerance Estimation of Cells. Cyborg and Bionic Systems. 2023. 4
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Jin Komuro, Yuta Tokuoka, Tomohisa Seki, Dai Kusumoto, Hisayuki Hashimoto, Toshiomi Katsuki, Takahiro Nakamura, Yohei Akiba, Thukaa Kuoka, Mai Kimura, et al. Development of non-bias phenotypic drug screening for cardiomyocyte hypertrophy by image segmentation using deep learning. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2022. 632. 181-188
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MISC (2)：
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舟橋 啓, 徳岡 雄大, 大岡 麻耶, 西本 勝利, 山田 貴大, 広井 賀子. 【病理形態学の新技術】画像解析と深層学習を用いた診断の基礎. 病理と臨床. 2019. 37. 7. 631-635
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山田貴大, 舟橋啓, 黄川田隆洋. ネムリユスリカの培養細胞の乾燥耐性に迫る. バイオサイエンスとインダストリー. 2019. 77. 4
Books (4)：
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機械学習を生命科学に使う! - シークエンスや画像データをどう解析し、新たな生物学的発見につなげるか?- Vol.38 No.20
羊土社 2020 ISBN:9784758103916
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数でとらえる細胞生物学
羊土社 2020 ISBN:9784758121064
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病理と臨床 Vol.37, No.7
文光堂 2019
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バイオサイエン スとインダストリー Vol.77 No.4
(一財)バイオインダストリー協会 2019
Lectures and oral presentations (12)：
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限界を超えた能力を生命に付与したい ー設計図志向な生物学を目指してー
(The 40th Scienc-ome 2021)
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正確な情報伝達を利用したON/OFF遺伝子制御がPv11細胞の乾燥しても死なない仕組みのカギを握る
(定量生物学の会 北海道キャラバン 2019)
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乾燥させても死なない培養細胞, Pv11細胞の死なないメカニズムに転写制御ネットワークから迫る
(定量生物学の会 第九回年会)
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Mathematical modeling identifies the conditions required for RNA-based oscillator
(SICE Annual Conference 2018 2018)
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カラカラに乾燥しても死なないネムリユスリカの神秘に転写制御 ネットワークから迫る
(CELLab-SOCU Summer Symposium 2018)
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Education (3)：
- 2017 - 2020 Keio University Graduate School of Science and Technology
- 2015 - 2017 Keio University Graduate School of Science and Technology
- 2011 - 2015 Keio University
Professional career (1)：
- PhD of Science (Keio University)
Work history (3)：
- 2023/05 - University of California, San Diego Department of Molecular Biology Postdoctoral Researcher
- 2021/04 - 2023/03 Keio University Faculty of Science and Technology Department of Biosciences and Infomatics Assistant Professor
- 2018/04 - 2021/03 Keio University Research Associate
Awards (2)：
- 2021/03 - 慶應義塾大学理工学部・大学院理工学研究科 藤原奨学基金運営委員会 藤原賞
- 2017/08 - 第1回 慶應ライフサイエンスシンポジウム実行委員会 第1回 慶應ライフサイエンスシンポジウム ポスター賞 時系列RNA-seqデータに基づくネムリユスリカ乾燥耐性機構の転写制御ネットワークの同定
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