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J-GLOBAL ID：202003018794256063

細胞膜透過性天然ペプチドの探索方法

Inventor： 大島 勘二 ,  吉田 慎一 ,  北 寛士
Applicant, Patent owner： 株式会社カネカ
Agent (3)： 廣田 浩一 ,  流 良広 ,  松田 奈緒子
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2019068800
Publication number (International publication number)：2020166747
Application date： Mar. 29, 2019
Publication date： Oct. 08, 2020
Summary：

【課題】コンピュータを用いた分子シミュレーションにより、細胞膜に対する透過性を有する天然ペプチドを探索可能な細胞膜透過性天然ペプチドの探索方法の提供。【解決手段】塩基性残基を少なくとも2つ有する天然ペプチドについての分子動力学計算に基づき、天然ペプチドの第一の塩基性残基における、天然ペプチドの主鎖を形成するCα炭素から側鎖末端の官能基が有する又は結合する炭素に向かう第一のベクトルと、天然ペプチドの第二の塩基性残基における、天然ペプチドの主鎖を形成するCα炭素から側鎖末端の官能基が有する又は結合する炭素に向かう第二のベクトルと、を算出し、第一のベクトルと第二のベクトルとのなす角度が30°以下であり、かつ第一のベクトルの先端と第二のベクトルの先端との距離が1.0nm以上2.5nm以下であるものの存在確率が5.0%以上であるものを特定する、ことを含む細胞膜透過性天然ペプチドの探索方法である。【選択図】図4

Claim (excerpt)：

細胞膜に対する透過性を有する天然ペプチドの探索方法であって、 探索対象としての前記天然ペプチドが、アミノ酸配列中に塩基性残基を少なくとも2つ有し、 前記天然ペプチドについての分子動力学計算に基づき、 前記天然ペプチドの第一の塩基性残基における、前記天然ペプチドの主鎖を形成するCα炭素から側鎖末端の官能基が有する又は結合する炭素に向かう第一のベクトルと、 前記天然ペプチドの第二の塩基性残基における、前記天然ペプチドの主鎖を形成するCα炭素から側鎖末端の官能基が有する又は結合する炭素に向かう第二のベクトルと、を算出し、 前記第一のベクトルと前記第二のベクトルとのなす角度が30°以下であり、かつ前記第一のベクトルの先端と前記第二のベクトルの先端との距離が1.0nm以上2.5nm以下であるものの存在確率が5.0%以上であるものを特定する、 ことを含むことを特徴とする細胞膜透過性天然ペプチドの探索方法。

IPC (1)：

G16B 15/20

FI (1)：

G16B15/20

F-Term (13)：

4C084AA30 ,  4C084BA44 ,  4C084CA62 ,  4C084NA05 ,  4C084NA11 ,  4C084NA13 ,  4H045AA30 ,  4H045AA50 ,  4H045BA05 ,  4H045BA15 ,  4H045BA16 ,  4H045BA17 ,  4H045EA20

Article cited by the Patent：

Cited by applicant (2)

• Molecular Dynamics Simulations of Membrane Permeability
• Membrane permeation of a peptide: it is better to be positive.