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J-GLOBAL ID：202203017740502490

長時間分子動力学シミュレーションによる変異型タンパク質に対する治療薬探索法

Inventor： 片山 量平 ,  荒木 望嗣 ,  奥野 恭史
Applicant, Patent owner： 公益財団法人がん研究会
Agent (1)： 白形 由美子
Gazette classification：公開公報
Application number (International application number)：2021066780
Publication number (International publication number)：2022161733
Application date： Apr. 09, 2021
Publication date： Oct. 21, 2022
Summary：

【課題】低頻度ながらがん化を引き起こす変異や、分子標的薬に対して耐性を誘導するような変異で高次構造が明らかではない変異型タンパク質について、野生型の立体構造と変異情報から変異体の立体構造を予測し、効果を奏する化合物を探索する方法及びがん治療に用いる医薬組成物を提供する。 【解決手段】方法は、構造が明らかなタンパク質からタンパク質-化合物複合体の初期構造を予測し、長時間分子動力学シミュレーションにより変異体を含めたタンパク質-化合物複合体の結合親和性を予測する。 【選択図】なし

Claim (excerpt)：

高次構造情報が得られていない解析対象となる変異型タンパク質と化合物の複合体の結合親和性を予測する方法であって、 解析対象となる変異型タンパク質の一次構造を入力してコンピュータに提供するステップと、 野生型タンパク質の高次構造情報、野生型タンパク質と化合物との複合体の高次構造情報、又は他の変異型タンパク質と化合物との複合体の高次構造情報を参照タンパク質情報として入力してコンピュータに提供するステップと、 解析対象となる変異型タンパク質との結合を予測する化合物の化学構造情報を入力してコンピュータに提供するステップと、 参照タンパク質の高次構造情報と化合物の化学構造情報から、解析対象タンパク質-化合物複合体の初期構造モデルを計算により計算するステップと、 予測されたタンパク質-化合物複合体の初期構造モデルを経時的な変動を観測する分子動力学シミュレーションにより計算しタンパク質-化合物複合体の結合親和性を予測する方法。

IPC (5)：

G16B 15/30 ,  A61K 31/506 ,  A61K 31/517 ,  A61P 35/00 ,  G06Q 10/04

FI (5)：

G16B15/30 ,  A61K31/506 ,  A61K31/517 ,  A61P35/00 ,  G06Q10/04

F-Term (19)：

4C086AA01 ,  4C086AA02 ,  4C086BC42 ,  4C086BC46 ,  4C086GA02 ,  4C086GA04 ,  4C086GA07 ,  4C086GA12 ,  4C086MA01 ,  4C086MA04 ,  4C086NA05 ,  4C086ZB26 ,  4H045AA10 ,  4H045AA30 ,  4H045BA10 ,  4H045CA40 ,  4H045DA50 ,  4H045EA50 ,  5L049AA04