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J-GLOBAL ID：201702288001070034   整理番号：17A0219150

PDZドメインのリガンド結合・放出に対する長距離構造応答:分子動力学研究

Long-Range Conformational Response of a PDZ Domain to Ligand Binding and Release: A Molecular Dynamics Study

著者 (3件)： LU Cheng (Albert Ludwigs Univ., Freiburg, DEU) ,  KNECHT Volker (Albert Ludwigs Univ., Freiburg, DEU) ,  STOCK Gerhard (Albert Ludwigs Univ., Freiburg, DEU)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 12  号： 2  ページ： 870-878  発行年： 2016年02月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究において,ヒトチロシンホスファターゼの遊離型(PDZ2-f)と結合型(PDZ2-b)におけるPDZ2ドメインのマイクロ秒分子動力学(MD)軌道について述べた。リガンド放出時のPDZ2の構造変化を議論した。PDZ2は,お互いに様々な二次構造要素の集団シフトにより応答し,蛋白質のいくつかのループの立体配座変化に繋がった。PDZ2の構造応答の時間発展を調べるため,リガンドの除去後,PDZ2の緩和の非平衡MDシミュレーションを行い,プロセスは100nsの時間スケールで行われることが示された。

シソーラス用語： 結合部位 ,  結合 ,  *計算機シミュレーション ,  *タンパク質チロシンホスファターゼ ,  配座転移 ,  分子動力学 ,  結晶構造 ,  二次構造
準シソーラス用語： PDZドメイン ,  リガンド結合 ,  非平衡分子動力学 ,  *分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (7件)： PDZドメイン ,  リガンド結合 ,  放出 ,  長距離 ,  構造応答 ,  分子動力学 ,  研究