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J-GLOBAL ID：201002230901271664   整理番号：10A0603384

Affymetrix GenChip Array処理の間サンプル同一性を監視するAFFXスパイクインコントロールプローブの利用

Utilization of AFFX spike-in control probes to monitor sample identity throughout Affymetrix GeneChip Array processing

著者 (5件)： WALTER Michael (Univ. Tuebingen, Tuebingen, DEU) ,  HONEGGER Anja (Univ. Tuebingen, Tuebingen, DEU) ,  SCHWEIZER Rahel (Univ. Tuebingen, Tuebingen, DEU) ,  POTHS Sven (Univ. Tuebingen, Tuebingen, DEU) ,  BONIN Michael (Univ. Tuebingen, Tuebingen, DEU)
資料名： BioTechniques  (BioTechniques)
巻： 48  号： 5  ページ： 371-372,376,378  発行年： 2010年05月 
JST資料番号： C0930C  ISSN： 0736-6205  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロアレイ使用遺伝子発現プロフィールが正しいサンプルに帰属していることを保証することは重要である。マイクロアレイデータを研究室情報管理ソフトウェアの使用で追跡してもヒトの介入による誤りが完全に排除できないことから,提示したサンプルを正しく帰属することが困難であり,問題がある。このことから,インプットサンプルRNAと記録された発現プロフィールが明らかに相関している市販の利用可能なAffymetrixアレイにすでにあるプローブ対を利用するサンプル追跡システムを開発した。利用するプローブはlysMに対する’AFFX-r4-Bs-lys-M-at’及びlys3に対する’AFFX-r2-Bs-lys-3-at’両プローブセットであり,確認用プローブに対して選択した配列及びそれらの組合せでの構築を図示して詳述した。8種類のスパイクインコントロール配列セットを作製し,それらが全体的処理プロトコールを切り抜け,サンプル特異的ハイブリダイゼーションパターンとなる「チップ上確認配列」を作製するのに種々の組合せでサンプルRNAを付与した。このパターンは各アレイが正しいサンプルとハイブリダイズされるかどうかを監視するのに使用できた。スパイクインコントロール配列はRNA完全性に対してあらゆる負の影響を,またはアレイに残存しているプローブの発現値に対してあらゆる検出可能な影響を,持っていなかった。このコントロール配列は高品質マイクロアレイの結果を保証する安価で容易に適用できるシステムを表わしていた。なお,本システムを確認するため,HEK293細胞から調製したRNAで実施した例を提示した。

シソーラス用語： *DNAマイクロアレイ ,  *DNAプローブ ,  監視 ,  遺伝子発現 ,  *RNA【核酸】 ,  分子ハイブリダイゼーション ,  品質管理 ,  ヌクレオチド配列 ,  追跡 ,  HEK293細胞 ,  選択性 ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： *Affymetrix GenChip Array ,  同一性

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (1件)： サンプル