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J-GLOBAL ID：201402226130512178   整理番号：14A1321120

溶質焼き戻しレプリカ交換法を用いる混合脂質二分子層中の側方平衡の加速

Acceleration of Lateral Equilibration in Mixed Lipid Bilayers Using Replica Exchange with Solute Tempering

著者 (2件)： HUANG Kun (Rensselaer Polytechnic Inst., New York, USA) ,  GARCIA Angel E. (Rensselaer Polytechnic Inst., New York, USA)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 10  号： 10  ページ： 4264-4272  発行年： 2014年10月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学シミュレーション(MDS)による細胞膜の側面不均一性の研究を困難にしている”側面平衡化が遅い”という問題を解決するために,溶質焼き戻しレプリカ交換法(REST:Liuら,2005)を用いることによる混合脂質二分子層の側面平衡化の加速を検討した。50モル%のコレステロール(CHOL)を含む1,2-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン(DPPC)二分子層のMDSに一定圧力REST法を適用した。REST-MDS計算の結果を温度レプリカ交換MDS(T-REMD:Sugitaら,1999など)の結果と比較した。僅かに12RESTを用いてMDSを行った結果は,同じレプリカ交換速度において,約100のレプリカを用いるT-REMDの場合の結果と同程度であることと,RESTにおける分子間の相対的拡散速度は平均して標準的MDSでの速度よりも数桁速くなることが分かった。また別々の単分子層について計算した全ての型の分子対(CHOL-CHOL,CHOL-DPPC,DPPC-DPPC)の間の側面動径分布関数はREST計算では著しく速く収束することが分かった。REST法を用いて,側面動径分布関数から異なる分子対型の間のGibbs自由エネルギーを計算した。

シソーラス用語： *モンテカルロ法 ,  *脂質二分子膜 ,  相平衡 ,  *計算機シミュレーション ,  *不均一性 ,  拡散速度 ,  拡散 ,  単分子層 ,  動径分布関数 ,  収束 ,  Gibbs自由エネルギー ,  脂肪酸 ,  レシチン ,  ステロール ,  脂環式アルコール ,  *レプリカ交換法 ,  空間的不均一性 ,  側方拡散 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *リン脂質二重層 ,  *計算機利用 ,  *利用
準シソーラス用語： *リン脂質二分子層 ,  脂質二分子層

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  生体膜一般  (EF04010G)

物質索引 (2件)： DPPC ,  コレステロール

タイトルに関連する用語 (6件)： 溶質 ,  焼き戻し ,  レプリカ交換法 ,  脂質二分子層 ,  平衡 ,  加速