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J-GLOBAL ID：201502207441266557   整理番号：15A1323012

OpenSpecimenへのcaTissueスイート:拡張可能な開発,オープンソース,Webベースのバイオバンク管理システム

caTissue Suite to OpenSpecimen: Developing an extensible, open source, web-based biobanking management system

著者 (10件)： MCINTOSH Leslie D. (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  SHARMA Mukesh K. (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  MULVIHILL David (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  GUPTA Snehil (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  JUEHNE Anthony (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  GEORGE Bijoy (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  KHOT Suhas B. (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  KAUSHAL Atul (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  WATSON Mark A. (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA) ,  NAGARAJAN Rakesh (Dep. of Pathology and Immunology, Washington Univ. School of Medicine, St. Louis, MO, USA)
資料名： Journal of Biomedical Informatics  (Journal of Biomedical Informatics)
巻： 57  ページ： 456-464  発行年： 2015年10月 
JST資料番号： B0827A  ISSN： 1532-0464  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 国立癌研究所の癌バイオメディカルインフォマティクスグリッド(caBIG)プログラムは,インフラストラクチャを作成することによってバイオレポジトリーデータ管理のための基準と,ベストプラクティスを確立した。これは,データの整合性とセキュリティを維持しながら,生物試料のリソース共有を伝播するためであった。最近では,caTissue SuiteはOpenSpecimenとして知られているオープンソースの取り組みとして進化し続けた。OpenSpecimenは様々なワークフローやユニークユーザーのニーズに対応するように設計されたユーザインタフェースを介してデータ操作の特定のセットにロールベースのアクセスを認めた。ソフトウェアは,両方の構文的および意味的に,相互運用が可能であった。それは,生物試料を伴う研究を可能にする標準的な語彙のその統合を与えられた他のバイオインフォマティクスツールの配列を使用してであった。そしてエンドユーザーへ,日々の経験を共有することを勧めた。これは,このように,アプリケーションでの作業に対処する必要があるニーズと限界へのコミュニティボードの洞察力を提供することによった。グループのテスト環境と模擬画面を新機能を確認し,検証するために同様に,ユーザーへ要求した。必要な発達は生物医学研究や業務の進歩を触媒するために,多様な採用シナリオとバイオバンクのワークフローを収容するために焦点を当てた。そして,このユーザーとの対話を通じて,アプリケーションの柔軟性と相互運用性を認識した。バイオバンクの実践と労働力の役割の多様性を考えると,堅牢なデータ粒度を維持するために,努力を一貫して行なってきた。これは,アプリケーション内やアプリケーション間でユーザーのアクセシビリティ,データ発見,およびセキュリティを支援しながら,行った。反復開発とテストサイクルは,オープンアクセス,Webベースのソフトウェアアプリケーションのための継続的なメンテナンスと最新の機能を提供した。Copyright 2015 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *生体試料 ,  ソフトウェア ,  研究 ,  *医療施設 ,  *情報科学 ,  医用情報処理 ,  ユーザインタフェイス
準シソーラス用語： オープンソース ,  *バイオバンク ,  *医用情報学 ,  生物医学研究 ,  *生物試料

分類 (2件)： 医用情報処理  (JE15030Q) ,  医療制度  (GB04020H)

タイトルに関連する用語 (6件)： 拡張 ,  開発 ,  オープンソース ,  Web ,  バイオバンク ,  管理システム