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J-GLOBAL ID：201502207574030815   整理番号：15A0803531

RNA-Seqデータに基づくダントウボウ(Megalobrama amblycephala)におけるコドン利用性パターンの包括的分析

A Comprehensive Analysis of Codon Usage Patterns in Blunt Snout Bream (Megalobrama amblycephala) Based on RNA-Seq Data

著者 (4件)： DUAN Xiaoke (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  YI Shaokui (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  GUO Xianwu (Instituto de Politecnico Nacional, Tamaulipas, MEX) ,  WANG Weimin (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN)
資料名： International Journal of Molecular Sciences (Web)  (International Journal of Molecular Sciences (Web))
巻： 16  号： 6  ページ： 11996-12013 (WEB ONLY)  発行年： 2015年06月 
JST資料番号： U7038A  ISSN： 1422-0067  CODEN： IJMCFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ダントウボウ(Megalobrama amblycephala)は,中国でその繊細さと高い経済的価値のために重要な魚種です。コドン利用性解析は,そのコドン生物学,mRNA翻訳および脊椎動物進化を理解するために役立つことがあり得る。M.amblycephalaに対するRNA-Seqデータに基づいて,高頻度コドン(CUG,AGA,GUG,CAGおよびGAG)と同様に低頻度コドン(NUAおよびNCG)を確認した。724の高頻度コドン対のすべてが観察された。その一方で,14の好ましいおよび199の回避される隣接コドンも確認されたが,バイアスは同じ対間で挿入された1つまたはそれ以上の介在コドンでほとんど示されなかった。開始および停止コドンに近い領域におけるコドン利用性の偏り(RSCUおよびSCUO)はGC₃(コドンにおける第三ヌクレオチドのGC含量)バイアスに関連していた。6GO(遺伝子オントロジー)カテゴリーおよびメチル化標的数はGC₃により影響された。23の脊椎動物間のコドン利用性比較により,GC含量,コドン利用性およびコドンコンテキスト解析用いて,種特異性を示した。本研究は魚類生化学および繁殖プロジェクトのための新情報への新たな洞察を与えた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  ヌクレオチド配列 ,  *コイ科 ,  *コドン ,  頻度 ,  オントロジー ,  脊椎動物 ,  種差 ,  メチル化 ,  アミノ酸 ,  開始コドン ,  終止コドン ,  生物進化
準シソーラス用語： *Megalobrama amblycephala ,  RNA-Seq ,  *コドン利用性 ,  ダントウボウ ,  種特異性

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  動物の生化学  (EJ01050P)

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA-seq ,  コドン ,  利用性 ,  分析