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J-GLOBAL ID：201502211680901740   整理番号：15A0494422

PyTMs: 一般的な翻訳後修飾をモデリングするための有用PyMOLプラグイン

PyTMs: a useful PyMOL plugin for modeling common post-translational modifications

著者 (4件)： WARNECKE Andreas (Karolinska Institutet, Stockholm, SWE) ,  SANDALOVA Tatyana (Karolinska Institutet, Stockholm, SWE) ,  ACHOUR Adnane (Karolinska Institutet, Stockholm, SWE) ,  HARRIS Robert A (Karolinska Institutet, Stockholm, SWE)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 15  号： Nov  ページ： WEB ONLY 15:370  発行年： 2014年11月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:翻訳後修飾(PTM)は蛋白質生物学,特にシグナル伝達イベントの主要な様相を構成している。逆に,いくつかの異なる病態生理学的PTMは酸化的不均衡または炎症状態のホールマークであり,自己免疫疾患や癌の発症と強く相関している。そのため,修飾の生物学的と構造的効果の両者を評価することに興味がもたれる。後者については,コンピュータベースモデリングは魅力的な選択肢を提供する。そのため,PTMのための容易に応用可能なモデリングオプションのニーズを同定した。結果:一般的に使用される可視化ソフトウェアであるPyMOLに実装されたプラグインであるPyTMsを開発した。PyTMsは共通のPTMセットを蛋白質/ペプチドモデルに導入することを可能とし,PTMに関連した研究の疑問に取り組むのに使用可能である。10タイプの修飾を現在サポートしており,アセチル化とカルバミル化とシトルリン化とシステイン酸化とマロンジアルデヒド付加物とメチオニン酸化とメチル化とニトロ化とプロリン水酸化とりん酸化が含まれる。さらに,詳細セッティングは表面曝露原子の事前選択を組み込み,立体化学的代替を定義し,新規修飾残基の基本的な構造的最適化を可能とする。結論:PyTMsは有用でユーザフレンドリーなPyMOLのモデリングプラグインである。PyTMsの利点はPTMの標準的な形成と迅速な結果までの時間とユーザコントロールの促進である。モデリングは一般的な構造決定を置き換えることはできないが,実験的投資前の潜在的意味合いの複雑でない検討と,実験データの基本的説明を可能とする便利なツールを構成する。PyTMsはGitHubのPyMOLスクリプトレポジトリプロジェクトの一部として自由に利用可能であり,さらに進化する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *計算機プログラム ,  *翻訳後修飾 ,  アセチル化 ,  化学反応 ,  化学修飾 ,  酸化 ,  メチル化 ,  ニトロ化 ,  リン酸化 ,  *モデリング ,  *分子構造 ,  *分子グラフィックス ,  *ソフトウェア ,  アルゴリズム ,  構造最適化 ,  アルコールオキシドレダクターゼ ,  カリウムチャネル ,  血清アルブミン ,  組織適合性遺伝子 ,  脂肪族アミン ,  チオール ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン ,  アミノ酸 ,  窒素複素環化合物 ,  脂肪族アルデヒド ,  ウシ血清アルブミン ,  カルバミル化 ,  シトルリン化 ,  ヒドロキシピルビン酸レダクターゼ ,  メチオニン酸化 ,  *分子モデリング ,  Ether-A-Go-Goカリウムチャネル ,  MHC【遺伝子】 ,  改変 ,  イオン輸送 ,  輸送 ,  生体輸送 ,  膜貫通タンパク質 ,  生体内イオン輸送
準シソーラス用語： *PyMOL ,  *PyTMs ,  ヒト遅延整流性カリウムイオンチャネル ,  *プラグイン ,  主要組織適合複合体

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

物質索引 (3件)： システイン ,  プロリン ,  マロンジアルデヒド

タイトルに関連する用語 (3件)： 翻訳後修飾 ,  モデリング ,  プラグイン