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J-GLOBAL ID：201702211268192070   整理番号：17A0412775

ナノUPLC LTQ FT MSとプロテオミクス検索エンジンによる糖ペプチドの自動で迅速な同定【Powered by NICT】

Automatic and rapid identification of glycopeptides by nano-UPLC-LTQ-FT-MS and proteomic search engine

著者 (3件)： Gimenez Estela (Department of Analytical Chemistry, University of Barcelona, Diagonal 645, E-08028 Barcelona, Spain) ,  Gay Marina (Mass Spectrometry and Proteomics Core Facility, Institute for Research in Biomedicine, IRB Barcelona, The Barcelona Institute of Science and Technology, 08028 Barcelona, Spain) ,  Vilaseca Marta (Mass Spectrometry and Proteomics Core Facility, Institute for Research in Biomedicine, IRB Barcelona, The Barcelona Institute of Science and Technology, 08028 Barcelona, Spain)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 152  ページ： 236-242  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ナノUPLC LTQFT MSの可能性と分離,検出,及び標準糖蛋白質中のN-及びO-糖ペプチドの糖型の同定のためのByonicプロテオミクス検索エンジンを実証した。BEHC18nanoACQUITYカラムの使用は糖蛋白質消化物中に存在する糖ペプチドの分離とシアル酸の数に基づいて同じ糖ペプチドの糖型のベースライン分離を可能にした。さらに,同定率の最大数を持つ糖ペプチドグリコ型の検出と特性化を改善するために,いくつかの獲得戦略を評価した。提案した戦略は,プロテオーム研究室で一般的に使用される技術基盤を設定する簡単である。法は,与えられた蛋白質の一般的なグリコシル化マップ,グリコサイトとそれらの対応するグリコシル化構造を含むの直接的で迅速な取得を可能にした。本研究で選択したMS戦略,気相分別手法に基づいて,四種の標準蛋白質から136のユニークなペプチド,同定されたペプチドの総数の78%を表現した。法は,余分な糖ペプチド濃縮段階を必要とし,この段階はある種の糖ペプチド種へ生じることをバイアスを防止しなかった。データは識別子PXD003578であるProteomeXchangeを介して利用可能である。シアル酸の数,および蛋白質グリコサイトの事前知識またはグリカンのタイプと構造を持たないそれらの自動で迅速な同定に基づいて糖ペプチド糖型の分離を可能にする簡単でハイスループットグリコプロテオミクスベース方法論を提案した。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 糖タンパク質 ,  *プロテオミクス ,  グリコシル化 ,  消化 ,  キャラクタリゼーション ,  *検索エンジン ,  気相 ,  *糖ペプチド ,  *ペプチド ,  基準線 ,  タンパク質
準シソーラス用語： グリカン ,  プロテオーム解析 ,  シアル酸 ,  *フーリエ変換質量分析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 糖ペプチド ,  ナノUPLC ,  質量分析 ,  Byonic

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： プロテオミクス ,  検索エンジン ,  糖ペプチド ,  同定