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J-GLOBAL ID：201702215528399468   整理番号：17A0750272

農場と水族館環境からのニジマス(Oncorhynchus mykiss)の遠位腸マイクロバイオームの系統学的および機能的特性化【Powered by NICT】

Phylogenetic and functional characterization of the distal intestinal microbiome of rainbow trout Oncorhynchus mykiss from both farm and aquarium settings

著者 (4件)： Lyons P.P. (Institute of Aquaculture, University of Stirling, Stirling, UK) ,  Turnbull J.F. (Institute of Aquaculture, University of Stirling, Stirling, UK) ,  Dawson K.A. (Alltech Biotechnology Inc., Nicholasville, KY, USA) ,  Crumlish M. (Institute of Aquaculture, University of Stirling, Stirling, UK)
資料名： Journal of Applied Microbiology  (Journal of Applied Microbiology)
巻： 122  号： 2  ページ： 347-363  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0635A  ISSN： 1364-5072  CODEN： JAMIFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:本研究は,両農場と水族館環境から供給されたニジマスの腸内常在菌叢ゲノムの系統発生的組成および機能的可能性を比較することに焦点を当てた。【方法】と結果:遠位腸内容物の試料魚から採取し,ハイスループット16S rRNA配列決定にかけ,腸内常在菌叢ゲノムの組成を正確に決定した。両群から同定された優勢な門は,Tenericutes,Firmicutes,Proteobacteria,SpirochaetaeおよびBacteroidetesである。PICRUSt,新規メタゲノムツールはニジマス腸に存在する細菌群集の機能的可能性を決定するために用いた。膜輸送活性に関与する経路はすべての魚試料の腸内常在菌叢ゲノムにおいて支配的であった。更に,この解析は,特にアミノ酸および炭水化物代謝,代謝に関連した遺伝子経路はニジマス腸内常在菌叢ゲノムにおけるアップレギュレートされていることを明らかにした。【結論】結果は養殖ニジマスにおける腸内常在菌叢ゲノムの構造は類似している可能性があることをに関係なく魚が位置している示唆し,従って宿主因子によって形成されることができた。相違は,両魚類個体群の腸内微生物群集メンバシップに認められ,より散発性分類群はそれぞれの環境に特有であることを示唆し,ニジマス消化管にコロニー形成する能力を持っている可能性がある。最後に,機能分析は,ニジマスのミクロビオームは食餌成分の代謝に寄与する可能性がある遺伝子を含むので,これらの魚における消化プロセスに影響を及ぼす能動かもしれないという証拠を提供する。研究の意義と影響:腸ミクロビオームと魚の健康への影響を理解し,より良く活用するためには,その構造,多様性および潜在的機能的能力を決定するために重要である。本研究では,これらの地域の知識を改善し,ニジマスの腸内常在菌叢ゲノムはこれらの魚の消化生理に重要な役割を果たしている可能性があることを示唆した。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  *農場 ,  腸内微生物 ,  機能分析 ,  養殖 ,  アミノ酸 ,  *キャラクタリゼーション ,  消化 ,  *ニジマス ,  糖質代謝 ,  系統発生 ,  個体群
準シソーラス用語： コロニー形成 ,  細菌群集 ,  16S rRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 水産養殖 ,  diversity ,  腸微生物学 ,  metabolism ,  メタゲノミクス

分類 (5件)： 魚類  (FH02020K) ,  微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  微生物生理一般  (EG03051L) ,  微生物検査法  (EG02020G) ,  細菌による動物の伝染病  (FE02023A)

タイトルに関連する用語 (9件)： 農場 ,  水族館 ,  環境 ,  ニジマス ,  Oncorhynchus ,  腸 ,  マイクロバイオーム ,  系統学 ,  特性化