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J-GLOBAL ID：201702215859164997   整理番号：17A0323566

レトロウイルスの融合ペプチドを予測するための計算モデル【Powered by NICT】

A computational model for predicting fusion peptide of retroviruses

著者 (5件)： Wu Sijia (School of Electronic and Information Engineering, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, China) ,  Han Jiuqiang (School of Electronic and Information Engineering, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, China) ,  Liu Ruiling (School of Electronic and Information Engineering, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, China) ,  Liu Jun (School of Electrical Engineering, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, China) ,  Lv Hongqiang (School of Electronic and Information Engineering, Xi’an Jiaotong University, Xi’an, China)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 61  ページ： 245-250  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： エンベロープ蛋白質内の重要な領域として,融合ペプチド(FP)は病原性と治療的介入に重要な役割を果たしている。NCBIデータベースおよび非FP予測ソフトウェアの限られたFPアノテーションを考慮に入れ,レトロウイルスにおける新しい推定FP(np FPs)を予測するためのバイオインフォマティクスツールを開発することが急務と望ましい。本研究では,配列を基にしたFPモデルは類似性比較を用いた隠れMarkov法を組み合わせることにより提案した。分類精度は10倍およびleave-one-out交差検証に対応して,91.97%と92.31%であった。FPアノテーション無し走査配列後,このモデルは53,946Np FPを発見した。FPまたはNp FPに関する統計的結果は,FPは保存され,疎水性ドメインであることを明らかにした。窓環境のためのプログラムFPソフトウェアであるhttps://sourceforge.net/projects/fptool/files/source=navbarで利用可能である。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 走査 ,  治療法 ,  アノテーション ,  *計算モデル ,  疎水性 ,  データベース ,  類似性 ,  *レトロウイルス科 ,  病原性 ,  *ペプチド ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： 分類精度 ,  NCBI ,  エンベロープ蛋白質 ,  *融合ペプチド , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： キーワード融合はペプチド領域予測 ,  隠れMarkov法 ,  類似性比較

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： レトロウイルス ,  融合ペプチド ,  予測 ,  計算モデル