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J-GLOBAL ID：201702220175642259   整理番号：17A0207161

公共データベース情報を用いたレンズマメの単一遺伝子derived多形EST-SSRマーカーのパネルの開発【Powered by NICT】

Development of a panel of unigene-derived polymorphic EST-SSR markers in lentil using public database information

著者 (9件)： Gupta Debjyoti Sen (Department of Plant Sciences, North Dakota State University) ,  Cheng Peng (Division of Plant Sciences, University of Missouri) ,  Sablok Gaurav (Department of Biodiversity and Molecular Ecology, Research and Innovation Centre, Fondazione Edmund Mach) ,  Thavarajah Dil (Agricultural and Environmental Sciences, Clemson University) ,  Thavarajah Pushparajah (International College Beijing, China Agricultural University) ,  Coyne Clarice J (USDA-ARS, Western Regional Plant Introduction Station, Washington State University) ,  Shivkumar (BIGM Program, International Center for Agricultural Research in the Dry Areas (ICARDA), Rabat-Instituts) ,  Baum Michael (BIGM Program, International Center for Agricultural Research in the Dry Areas (ICARDA)) ,  Mcgee Rebecca J (USDA-ARS, Grain Legume Genetics and Physiology Research Unit, Washington State University)
資料名： Zuowu Xuebao (Yingwen Ban)  (Zuowu Xuebao (Yingwen Ban))
巻： 4  号： 5  ページ： 425-433  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2865A  ISSN： 2095-5421  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 4000Mbp以上のゲノムサイズをもつ二倍体(2n=14),レンズマメ(Lens culinaris Medik.)は世界的に栽培される重要な寒地型食用マメ科植物である。ゲノム資源の利用可能性は,この作物種に限られている。本研究の目的は,公開されている管理された発現配列タグ情報(EST)を用いたレンズマメにおけるpolymorphicmarkersを開発することであった。本研究では,9513のESTが単一遺伝子ベース単純反復配列(SSR)マーカーを開発するために生物工学情報(NCBI)データベースからダウンロードした。ESTは4053個の単一遺伝子に組み立て,解析してMISAマイクロサテライト同定ツールを用いた374SSR(単純配列反復)を同定した。374SSR(単純配列反復)の中で,26化合物SSR(単純配列反復)が観察された。これらSSR(単純配列反復)のためのプライマー対はプライマー3バージョン1.14を用いて設計した。ESTとEST-SSRの機能的アノテーションを分類するために,公共UniProt(http://www.uniprot.org/)とNCBI(http://www.ncbi.nlh.nih.gov/)データベースに対するBLASTx探索(E-値1×10 ( 5)を用いて)を行った。さらに機能アノテーションはPLAZA(バージョン3.0)比較ゲノミクスを用いて行い,GOアノテーションは植物のGOスリムカテゴリーを用いて要約した。合成した312種のプライマーのうち,219名はレンズDNAを成功裏に増幅した。polymorphicmarkersを同定し24レンズgenotypeswasの多様なパネル。57マーカーの多型セットを試験遺伝子型を識別することに成功した。機能アノテーションデータとpolymorphicmarkersのこのセットはレンズマメ育種におけるasmolecularツールを用いることができた。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： バイオテクノロジー ,  *レンズ ,  ゲノム ,  二倍体 ,  DNA【核酸】 ,  アノテーション ,  寒冷地 ,  *データベース ,  遺伝子型 ,  *レンズマメ ,  育種
準シソーラス用語： 比較ゲノミクス ,  NCBI ,  発現配列タグ ,  *EST-SSR , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： レンズマメ(Lens culinaris) ,  EST-SSR ,  機能注釈 ,  Unigene配列 ,  ESTデータベース ,  遺伝資源

分類 (2件)： 豆類  (FC03035U) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： データベース ,  レンズマメ ,  遺伝子 ,  多形 ,  EST-SSR ,  マーカー ,  開発