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J-GLOBAL ID：201702220202025453   整理番号：17A0134132

S...OおよびS...Nタンパク質リガンド複合体における硫黄結合相互作用:実験的考察とスコアリング関数

S...O and S...N Sulfur Bonding Interactions in Protein-Ligand Complexes: Empirical Considerations and Scoring Function

著者 (7件)： KOEBEL Mathew R. (St. Louis Coll. of Pharmacy, Missouri, USA) ,  COOPER Aaron (St. Louis Coll. of Pharmacy, Missouri, USA) ,  SCHMADEKE Grant (Univ. Texas at El Paso, Texas, USA) ,  JEON Soyoung (Univ. Texas at El Paso, Texas, USA) ,  NARAYAN Mahesh (Univ. Texas at El Paso, Texas, USA) ,  SIRIMULLA Suman (St. Louis Coll. of Pharmacy, Missouri, USA) ,  SIRIMULLA Suman (Univ. Texas at El Paso, Texas, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 56  号： 12  ページ： 2298-2309  発行年： 2016年12月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 有機硫黄化合物と蛋白質の間の相互作用をPDB(Protein Data Bank)に蓄積された結晶構造に基づいて調べた。データは主鎖Lewis塩基(すなわち骨格アミド結合の酸素および窒素原子)に対する硫黄-σ-ホール結合(すなわち硫黄結合)の関数として分析した。この分析には側鎖Lewis塩基(O,N,S)および電子リッチ芳香族アミノ酸に存在する”非古典的”Lewis塩基に対する硫黄結合およびドナー-アクセプタ結合角分布も含めた。分析した相互作用は各原子のvan der Waals半径の和および距離を4Åまでに制限した。検索されたデータは硫黄結合傾向(C-S-C結合角)が立体効果だけでなくドナーおよびアクセプターの両者に存在するエンタルピー特性により影響されることを明らかにした。この知識は基本的関心事であるばかりか硫黄原子を組み込んだ成分を含むドラッグやマテリアルの設計でも重要である。新しい経験的スコアリング関数が蛋白質-リガンド相互作用における硫黄の異方性を扱うのに開発された。このスコアリング関数はAutoDock Vina分子ドッキングプログラムに組み込まれ,モデリングやドラッグ設計に有用である。

シソーラス用語： 原子価 ,  *Lewis塩基 ,  *有機硫黄化合物 ,  *分子間相互作用 ,  分子構造 ,  *関数 ,  *ドッキング ,  σ結合 ,  原子価状態 ,  タンパク質構造 ,  非結合相互作用 ,  タンパク質データベース ,  コンピュータ設計
準シソーラス用語： *スコアリング関数 ,  データバンク ,  プロテインデータバンク ,  計算機設計 ,  *蛋白質リガンド相互作用 ,  分子ドッキング

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  脂肪族スルフィド・ジスルフィド  (CF03130C) ,  分子の幾何学的構造一般  (BH05021S) ,  その他のシステムプログラミング  (JD03070M)

タイトルに関連する用語 (7件)： タンパク質 ,  リガンド ,  複合体 ,  硫黄 ,  相互作用 ,  実験 ,  スコアリング関数