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J-GLOBAL ID：201702224139175275   整理番号：17A0295900

AVX配列に基づく変換アルゴリズムを,DNA配列アラインメントに適用した。【JST・京大機械翻訳】

BWT algorithm based on AVX instructions in the application of the DNA sequence alignment

著者 (6件)： Sun Hongmin (School of Electrical and Information, Northeast Agricultural University) ,  Du Boya (School of Electrical and Information, Northeast Agricultural University) ,  Zheng Ping (School of Electrical and Information, Northeast Agricultural University) ,  Li Dongye (School of Computer Science and Technology, Wuhan University of Technology) ,  Cao Yanjie (School of Electrical and Information, Northeast Agricultural University) ,  Hou Xingchen (School of Electrical and Information, Northeast Agricultural University)
資料名： Dongbei Nongye Daxue Xuebao  (Dongbei Nongye Daxue Xuebao)
巻： 47  号： 11  ページ： 93-99  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2891A  ISSN： 1005-9369  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 新世代ハイスループットシークエンシング技術の発展は大規模なDNA配列の断片を作り、迅速かつ正確に配列を参考遺伝子の組成に比較することは生物情報学の重要な研究課題の一つである。本論文では,変換アルゴリズムに基づくアルゴリズムを研究し,INTELに基づく最適化変換アルゴリズムを提案し,改良型計算法を用いてアルゴリズムを最適化し,最適化した。結果は,AVXの命令セットがCPUのアクセス時間を減少させ,アルゴリズムの時間複雑性を減少させ,配列アラインメント効率を改善し,遺伝子データ解析のためのより効率的な高速配列アラインメント法を提供し,全ゲノム配列の処理を加速することを示した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  データ解析 ,  命令セット ,  *アルゴリズム ,  高速度 ,  遺伝子 ,  呼出時間 ,  *DNA【核酸】
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  複雑性 ,  バイオインフォマティクス ,  *DNA配列 ,  *配列アライメント , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： sequence alignment ,  AVX instruction ,  BWT index ,  parallel optimization

分類 (2件)： ディジタル計算機方式一般  (JC02010O) ,  専用演算制御装置  (JC04030Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： アルゴリズム ,  DNA配列 ,  アラインメント