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J-GLOBAL ID：201702225758480316   整理番号：17A0258544

ハイスループットシークエンシングに基づく野生型トランスクリプトームトランスクリプトームデータ解析【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome Analysis of Vitis quinquangularis Rehd through High-throughput Sequencing

著者 (5件)： Fang Hui (Guangxi Zhuang Hutonomous Region Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab) ,  Jiang Shengli (Guangxi Zhuang Hutonomous Region Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab) ,  Qu Junjie (Guangxi Zhuang Hutonomous Region Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab) ,  Zhou Sihong (Guangxi Zhuang Hutonomous Region Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab) ,  Pan Fengying (Guangxi Zhuang Hutonomous Region Crop Genetic Improvement and Biotechnology Lab, Guangxi Zhuang Hutonomous Region Academy of Agricultural Sciences)
資料名： Hubei Nongye Kexue  (Hubei Nongye Kexue)
巻： 55  号： 18  ページ： 4827-4831  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2087A  ISSN： 0439-8114  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： RNA VITIS の葉のトランスクリプトームを,RNA-SEQ技術によって測定し,そして,35の高品質のBLASTXを得た。平均長さは1NTであり,N50は1NTであった。NCBIデータベース(NR),蛋白質配列データベース(SWISS-PROT),京都遺伝子とゲノムシソーラス(KEGG)データベース,およびオーソログ(COG)との相同性比較に基づき,26のBLASTXを同定した。また8個のBLASTXが注釈されていない。種の相同性はブドウのものと最も高い相同性が74.48%であることを示した。COGデータベースを用いてBLASTXを25種類に分類し,GO分類とKEGG蓄積分析により,BLASTXをそれぞれ44個のGOクラスと122個の代謝経路に分類した。さらに,35のSSR遺伝子座が35のSSR遺伝子座で検出され,二のSSRが最も多く(1),次いでトリヌクレオチド(1)であった。これらの情報は 機能遺伝子、関連候補遺伝子の発掘及び分子マーカー補助育種に重要な根拠を提供した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *トランスクリプトーム ,  代謝経路 ,  *野生型 ,  育種 ,  *データ解析 ,  相同性 ,  データベース ,  遺伝子 ,  ブドウ
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  候補遺伝子 ,  トリヌクレオチド ,  オルソログ ,  KEGG ,  NCBI , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： Vitis quinquangularis Rehd ,  transcriptome ,  high-through sequencing

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (2件)： 野生型 ,  解析