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J-GLOBAL ID：201702226010091598   整理番号：17A0758300

イチゴにおけるSMRT及びIlluminaに基づくRNA-seqの比較解析による選択的スプライシングの大域的同定【Powered by NICT】

Global identification of alternative splicing via comparative analysis of SMRT- and Illumina-based RNA-seq in strawberry

著者 (6件)： Li Yongping (Key Laboratory of Horticultural Plant Biology (Ministry of Education), College of Horticulture and Forestry Sciences, Huazhong Agricultural University, Wuhan, 430070, China) ,  Dai Cheng (College of Plant Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan, 430070, China) ,  Hu Chungen (Key Laboratory of Horticultural Plant Biology (Ministry of Education), College of Horticulture and Forestry Sciences, Huazhong Agricultural University, Wuhan, 430070, China) ,  Liu Zhongchi (Key Laboratory of Horticultural Plant Biology (Ministry of Education), College of Horticulture and Forestry Sciences, Huazhong Agricultural University, Wuhan, 430070, China) ,  Liu Zhongchi (Department of Cell Biology and Molecular Genetics, University of Maryland, College Park, MD, 20742, USA) ,  Kang Chunying (Key Laboratory of Horticultural Plant Biology (Ministry of Education), College of Horticulture and Forestry Sciences, Huazhong Agricultural University, Wuhan, 430070, China)
資料名： Plant Journal  (Plant Journal)
巻： 90  号： 1  ページ： 164-176  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1374A  ISSN： 0960-7412  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 選択的スプライシング(AS)は重要な転写後調節機構であり,果実作物におけるその役割についての情報は限られている。,ASは果実発育の異なる段階から誘導されたRNA-seqデータと野生イチゴFragaria vescaゲノムにおける総体的に解析した。AS景観は,単一分子,リアルタイム(SMRT)とIllumina RNA-seqプラットフォーム間の特性化と比較した。SMRTは,低い配列決定深さを持っていたが,Illumina(33.48%)と比較して,AS同定におけるSMRTの有効性を説明している場合には,AS(検出multiexon遺伝子の57.67%)を受けたより多くの遺伝子を同定した。果実発育との関連でASの異なるモードを調査した。受精前と比較した場合,イントロン保持(IR)の割合は著しく減少したが,選択的アクセプタ部位(AA)のそれは有意に増加した受精後。すべての同定された転写物を組み合わせた場合,イチゴの66.43%に検出され,multiexon遺伝子の全は,AS,そのうちのいくつかは遺伝子産物の保存されたドメインの獲得または損失につながるを受ける。研究はSMRTシークエンシングは,AS発見における高度に強力であり,異なるイソ型の後期機能研究のための豊富なデータ資源を提供することを示した。さらに,ASモードをシフト結実中の遺伝子発現の急速な変化に寄与する可能性がある。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  遺伝子発現 ,  受精 ,  農作物 ,  イントロン ,  キャラクタリゼーション ,  *選択的スプライシング ,  *RNA【核酸】 ,  結実
準シソーラス用語： アイソフォーム ,  配列解析 ,  単一分子 ,  転写後調節 ,  *RNA-seq ,  *NCoR , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 選択的スプライシング ,  果実発育 ,  SMRT配列決定 ,  RNA-seq ,  イチゴ ,  Fragaria vesca

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： イチゴ ,  SMRT ,  RNA-seq ,  解析 ,  選択的スプライシング ,  同定