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J-GLOBAL ID：201702230568169034   整理番号：17A0658724

NaviGO:遺伝子オントロジーによる視覚化と機能的類似性とコヒーレンス解析のためのインタラクティブツール

NaviGO: interactive tool for visualization and functional similarity and coherence analysis with gene ontology

著者 (5件)： WEI Qing (Purdue Univ.) ,  KHAN Ishita K. (Purdue Univ.) ,  DING Ziyun (Purdue Univ.) ,  YERNENI Satwica (Mayo Clinic) ,  KIHARA Daisuke (Purdue Univ.)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Mar  ページ： 18:177 (WEB ONLY)  発行年： 2017年03月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ゲノミクスとプロテオミクスの実験の数は急速に増加しており,機能的な解釈が待たれるデータの量は益々増加している。高速かつ自動の機能注釈を可能にするために,幾つかの機能予測アルゴリズムが開発され,改良された。Gene Ontology(GO)は,よく定義された構造と手作業によるキュレーションにより遺伝子機能を表現するために最も頻繁に使用される語彙である。遺伝子のGOアノテーションの間の関係と類似性を理解するためには,系統的な様式でGO機能解析を定量化および視覚化する便利なパイプラインを有することが重要である。結果:NaviGOは,GO用語と遺伝子の機能的類似性と関連性のインタラクティブな視覚化,検索および計算のためのウェブベースのツールである。GO用語と遺伝子機能の類似性は,著者らが以前の研究で開発した蛋白質-蛋白質相互作用および文脈ベースの関連スコアを含む6つの異なるスコアにより定量化した。GO機能空間のインタラクティブナビゲーションは,GO用語と遺伝子の機能グループ分けの直感的かつ効果的なリアルタイム視覚化と,豊富な機能の統計分析を提供する。結論:GO Termと遺伝子の機能的類似性と関連性を視覚化して分析するNaviGOを開発した。NaviGOウェブサーバはhttp://kiharalab.org/web/navigoで自由に入手できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *相互作用 ,  *オントロジー ,  可視化 ,  *分子遺伝現象 ,  類似性 ,  遺伝学 ,  プロテオミクス ,  遺伝学実験技術 ,  *アルゴリズム ,  ドキュメンテーション ,  機能分析 ,  パイプライン処理 ,  データ検索 ,  分子間相互作用 ,  実時間処理 ,  統計解析
準シソーラス用語： *インタラクティブ ,  *遺伝子オントロジー ,  視覚化 ,  *遺伝子機能 ,  ゲノミクス ,  ゲノム注釈 ,  *予測アルゴリズム ,  データキュレーション ,  機能解析 ,  ソフトウェアパイプライン ,  蛋白質-蛋白質相互作用 ,  リアルタイム処理 ,  統計分析

分類 (3件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子オントロジー ,  視覚化 ,  類似性 ,  コヒーレンス ,  解析 ,  ツール