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J-GLOBAL ID：201702238209157156   整理番号：17A0195690

PCRプライマー設計の最適化のための短鎖DNA融点解析法を開発した。【JST・京大機械翻訳】

A Melting Temperature Measurement Method of Short Stranded DNA Duplex for PCR Primer Design

著者 (3件)： Wang Jing (Collage of Food Science and Engineering,Ocean University of China) ,  Fan Huijun (Collage of Food Science and Engineering,Ocean University of China) ,  Liang Xingguo (Collage of Food Science and Engineering,Ocean University of China)
資料名： Zhongguo Shengwu Huaxue yu Fenzi Shengwu Xuebao  (Zhongguo Shengwu Huaxue yu Fenzi Shengwu Xuebao)
巻： 32  号： 10  ページ： 1168-1176  発行年： 2016年 
JST資料番号： C2257A  ISSN： 1007-7626  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 現在、PCRプライマーの設計は主にソフトウェアがプライマーの融点に対するシミュレーション計算に依存しているが、PCRアニーリング条件の最適化は異なる条件下での増幅実験を行う必要がある。本研究では,高分解能融解曲線(HIGH RESOLUTION MELTING,HRM)を用いて,短鎖DNAの融点を直接分析し,プライマーを評価するために,高感度で正確なプライマーを開発し,アニーリング条件を決定するための方法を開発した。また,アニーリング条件の最適化のための参照を提供した。本論文では,非完全相補的二本鎖DNAおよびDNAヘアピン構造の融点を,HRM法により直接測定した。(1)完全相補的二本鎖DNAと比較して,比較的安定な一配位子,,及びT Gの融点は2°C~3°C低下し,一部の二重の融点は4°C~6°C低下し,単一塩基突出融点は4°C~5°Cだけ低下した。そのため,アニーリング温度が不,部分ミスマッチの非標的テンプレートが増幅される可能性がある。(2)ヘアピン構造の茎干区は6BPであっても,その塩基配列が10NTより少ない場合には,その融点は60°C以上にもなる。また,ループの長さはヘアピンの融点にも大きな影響を与えた。本研究の結果によると,プライマー設計においては,テンプレートの結合が体の隣接する30NT塩基の6BP以上の相補性部分をできるだけ避けるべきであることが分かった。以上のことから,本研究は,HRM融点法がプライマーを効率的に評価し,アニーリング温度を決定する方法であることを示した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *最適化 ,  ヌクレオチド配列 ,  高感度 ,  *DNA【核酸】 ,  焼なまし ,  *融点 ,  高分解能 ,  相補性 ,  ヘアピン構造 ,  不整合
準シソーラス用語： アニーリング温度 ,  直接測定 ,  二本鎖DNA ,  融解曲線 ,  *PCRプライマー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： primer ,  melting temperature ,  short stranded DNA ,  high resolution melting ,  hairpin

分類 (4件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  遺伝子の複製  (EC02030F) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (7件)： PCRプライマー ,  設計 ,  最適化 ,  DNA ,  融点 ,  解析法 ,  開発