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J-GLOBAL ID：201702250333203178   整理番号：17A0750250

活性汚泥中の広域スペクトルプライマーの解析とNocardia spp.の定量化のための高度に特異的なプローブによる発泡細菌の検出のための改良qPCR方法論【Powered by NICT】

Improving qPCR methodology for detection of foaming bacteria by analysis of broad-spectrum primers and a highly specific probe for quantification of Nocardia spp. in activated sludge

著者 (2件)： Asvapathanagul P. (Department of Civil Engineering and Construction Engineering Management, California State University, Long Beach, Long Beach, CA, USA) ,  Olson B.H. (Department of Civil and Environmental Engineering, University of California, Irvine, Irvine, CA, USA)
資料名： Journal of Applied Microbiology  (Journal of Applied Microbiology)
巻： 122  号： 1  ページ： 97-105  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0635A  ISSN： 1364-5072  CODEN： JAMIFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:Nocardia spp.の広いスペクトルの同定のためのNocardia属特異的プローブと組み合わせたqPCR広域スペクトルプライマーを開発するために,混合DNAにおけるNocardia spp.を定量化する能力にこの開発したプライマーとプローブセットを用いることの効果を解析した。【方法】と結果qPCRアッセイにNocardia属のための変性プライマーセットと種特異的プローブを用いた結果は純粋培養と活性スラッジのDNA抽出物を用いて調べた。N.flavorosea濃度は以上の背景生物濃度に等しいとき,バックグラウンド生物のDNA(Mycobacterium bovis)濃度は反応当たり5×10~6コピーで開催されたが,標的生物Nocardia flavorosea濃度は反応当たり5×10~2~5×10~6コピーする混合DNA抽出物は同等のサイクル閾値蛍光レベルを生産した。N.flavoroseaの濃度は1logの増加で低下した場合,反応当たり5×10~6コピーで一定のM.bovis濃度を保持したが,全ての分析は10~6の比M.bovisでサイクルしきい値における最大364倍減少を持つ遅延型周期しきい値を示した:反応当たり10~2N.flavoroseaコピー。【結論】本研究で提示したデータは,生物の広い群を捕捉するためにプライマーセットの能力を高める高度に特異的なプローブを用いた場合でも定量の精度に影響を与えることができることを示した。mispriming対干渉の影響を評価するような複雑な群集における分子ツールのいくつかの応用を検討した。プライマー設計に関する理解群集遺伝的構造の重要性を明らかにした。研究の意義と影響:変性プライマーは属を横切る増幅細菌DNAに非常に有用であるが,qPCR反応の効率を低下させる。,密接に関連した背景種に対処する基準は,正確なqPCR結果を得るために使用しなければならない。Copyright 2017 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 蛍光 ,  *起泡 ,  DNA【核酸】 ,  *活性汚泥 ,  精度 ,  細菌 ,  *Nocardia ,  干渉 ,  *定量的PCR法 ,  *プローブ ,  *スペクトル
準シソーラス用語： 細菌DNA ,  遺伝的構造 ,  DNA抽出 ,  純粋培養 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 活性スラッジ ,  広域スペクトルプライマー ,  発泡 ,  Nocardia spp. ,  qPCR ,  特異的プローブ

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (13件)： 活性汚泥 ,  広域 ,  スペクトル ,  プライマー ,  解析 ,  Nocardia ,  SPP ,  定量化 ,  プローブ ,  発泡 ,  細菌 ,  qPCR ,  方法論