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J-GLOBAL ID：201702256765686549   整理番号：17A0412227

BS RNA:RNA亜硫酸水素塩配列決定データのための効率的なマッピングとアノテーションツール【Powered by NICT】

BS-RNA: An efficient mapping and annotation tool for RNA bisulfite sequencing data

著者 (9件)： Liang Fang (BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Hao Lili (BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Wang Jinyue (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Wang Jinyue (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Shi Shuo (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Shi Shuo (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) ,  Xiao Jingfa (BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Xiao Jingfa (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China) ,  Li Rujiao (BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 65  ページ： 173-177  発行年： 2016年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シトシンメチル化は最も重要なRNAの後成的修飾の一つである。実験技術の発展に伴い,科学者はRNAシトシンメチル化に重点を置き,亜硫酸水素塩配列決定はRNAシトシンメチル化研究のための有効な実験法であることが分かった。しかし,いくつかのツールはRNA亜硫酸水素塩配列決定データを扱う効率的にできるだけである。ここでは,特殊化したツールBS RNA,亜硫酸水素塩シークエンシングデータに基づくRNAのシトシンメチル化を解析し,方向性亜硫酸水素塩ライブラリーからペアエンドとシングルエンドシークエンシングリードの両方を支援することを開発した。ペアエンドリードのために,5′末端からバイアス位置を除去すること単に「dovetailing」読み取り,一つあるいは両方のリードは,対の読取りの開始を通過する拡張と思われるをもたらす可能性がある。BS RNAは「dovetailing」リードを地図化に成功した。BS RNAのアノテーション結果は層(層)フォーマット,位置,配列タイプ(CG/CHG/CHH,A,T,C),参照配列決定深さ,シトシン配列決定深さ,WatsonとCrick鎖に覆われたシトシン部位のメチル化レベルを含む輸出されている。BS RNAはRNA亜硫酸水素塩配列決定データのための効率的な,特殊化と高度に自動化されたマッピングおよび注釈ツールである。精度と効率の点で既存のプログラムよりも優れた性能を示した。BS RNAはPerl言語により開発し,このツールのソースコードはウェブサイトから自由に利用できる:http://bs rna.big.ac.cn。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 言語 ,  科学者 ,  指向性 ,  メチル化 ,  *RNA【核酸】 ,  バイアス ,  自動化 ,  *アノテーション ,  *亜硫酸水素塩 ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物
準シソーラス用語： Webサイト ,  ソースコード ,  Perl ,  シトシンメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： RNAシトシンメチル化 ,  亜硫酸水素塩配列決定 ,  ソフトウェアマッピング ,  アノテーションツール

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： シトシン

タイトルに関連する用語 (4件)： BS ,  RNA ,  亜硫酸水素塩 ,  マッピング