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J-GLOBAL ID：201702257001255403   整理番号：17A0658720

rNAV 2.0:細菌のsRNA媒介調節ネットワークのマイニングのための視覚化ツール

rNAV 2.0: a visualization tool for bacterial sRNA-mediated regulatory networks mining

著者 (5件)： BOURQUI Romain (Univ. de Bordeaux) ,  DUTOUR Isabelle (Univ. de Bordeaux) ,  DUBOIS Jonathan (Univ. de Bordeaux) ,  BENCHIMOL William (Univ. de Bordeaux) ,  THEBAULT Patricia (Univ. de Bordeaux)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Mar  ページ： 18:188 (WEB ONLY)  発行年： 2017年03月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:細菌のsRNA媒介調節ネットワークは,変化する環境条件に応答する細菌の迅速な再配線能力を分析する強力な方法として導入された。細菌sRNAのmRNA標的の同定は,それらの機能的活性を調査するために不可欠である。しかしながら,このステップは,sRNA-mRNA二重鎖の形成の背後にある位相的および生物学的制約に関する知識が不足しているため,依然として挑戦的である。最も洗練されたバイオインフォマティクス標的予測ツールであっても,誤った予測の大部分は,今後の分析の妨げとなる場合がある。この問題に対処するために,利用可能な場合,RNA-SEQ実験により得られた遺伝子リストからsRNA標的分析を行なうことができる。しかしながら,得られる標的候補の数は依然として巨大であり,標的候補を優先させるために様々な生物学的特徴に直面する必要がある領域専門家によって容易に解釈され得ない。したがって,高価な実験検証段階のための新しい候補を提案する前に,計算予測結果の特異性を改善するための新しい戦略を実行しなければならない。結果:この問題に対処するために,本研究では制御ネットワークの細菌sRNA標的の検出とフィルタリングを行うための新しい視覚化ツールrNAV 2.0を提案した。rNAVは,遺伝子注釈,相互作用の保存領域または調節の特定のパターンを含む様々な生物学的制約に対処するように設計した。アプリケーションに依存して,これらの制約は,例えば既知の保存相互作用領域によって優先順位付けされる標的候補を分析するために,または共通の機能のために,様々に組み合わせることができる。結論:スタンドアロンアプリケーションは,一組の既知アルゴリズムおよび相互作用技術を実装し,合理的なsRNAターゲット候補を同定する新しい問題に適用され得る。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *細菌 ,  *RNA【核酸】 ,  *ネットワーク ,  *遺伝的調節 ,  データマイニング ,  *可視化 ,  mRNA ,  ターゲット ,  二本鎖RNA ,  情報科学 ,  生物学 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： *sRNA ,  *調節ネットワーク ,  生物医学データマイニング ,  視覚化 ,  標的 ,  二重鎖RNA ,  バイオインフォマティクス ,  RNA-seq

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  生物学的機能  (EB04020F) ,  微生物生理一般  (EG03051L) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 細菌 ,  sRNA ,  調節ネットワーク ,  視覚化 ,  ツール