文献

J-GLOBAL ID：201702257453238247   整理番号：17A0657031

SNP間の上位相互作用を定量するためのエントロピーに基づくモデルのGPU加速

GPU Acceleration of an Entropy-Based Model to Quantify Epistatic Interactions Between SNPs

著者 (3件)： RIVEROS Carlos (Univ. of Newcastle, NSW, AUS) ,  UJALDON Manuel (Univ. Malaga, Malaga, ESP) ,  MOSCATO Pablo (Univ. of Newcastle, NSW, AUS)
資料名： Current Bioinformatics  (Current Bioinformatics)
巻： 11  号： 4  ページ： 396-407  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2353A  ISSN： 1574-8936  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 不明 (ARE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： コンピューティング技術により取り扱うことができる上位性相互作用のゲノムワイドスクリーニングのための方法を紹介した。標準ソフトウェアと異なり,この方法は相互作用の特定のモデルを仮定するこのなく全ゲノムを通じたSNP間のブーリアン二成分系相互作用を計算する。上位性に対する広範な探索は高い計算複雑性の費用において実現され,これはGPUを用いて取り組まれCPUのクラスタにおける計算時間を減少させる。また,本方法はSNP間の相互作用を評価するためのエントロピーに基づく機能とともに寄与した。

シソーラス用語： *一塩基多型 ,  *分子遺伝現象 ,  相互作用 ,  *エントロピー ,  *モデル ,  *マイクロプロセッサ ,  専用プロセッサ ,  計算 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  スクリーニング ,  ソフトウェア ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  ゲノム ,  Boole関数 ,  二成分系 ,  計算量 ,  中央処理装置 ,  クラスタ ,  CPU時間
準シソーラス用語： *SNP ,  *上位性 ,  *GPU【プロセッサ】 ,  コンピューティング ,  全ゲノム解析 ,  Boolean関数 ,  計算複雑性 ,  CPU【計算機】 ,  計算時間

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： SNP ,  相互作用 ,  定量 ,  エントロピー ,  モデル ,  GPU ,  加速