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J-GLOBAL ID：201702257497325516   整理番号：17A0575093

大きな生体分子の粗視化サイトの厳格な定義のための体系的方法のパフォーマンス比較

Performance Comparison of Systematic Methods for Rigorous Definition of Coarse-Grained Sites of Large Biomolecules

著者 (7件)： ZHANG Yuwei (Xiamen Univ., Xiamen, CHN) ,  ZHANG Yuwei (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  CAO Zexing (Xiamen Univ., Xiamen, CHN) ,  ZHANG John Zenghui (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  ZHANG John Zenghui (NYU Shanghai, Shanghai, CHN) ,  XIA Fei (East China Normal Univ., Shanghai, CHN) ,  XIA Fei (NYU Shanghai, Shanghai, CHN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 2  ページ： 214-222  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体分子のマルチスケールシミュレーションのための生体分子の粗視化(CG)モデルの開発は,蛋白質フォールディング,配座転移,蛋白質間相互作用など蛋白質機能の研究に期待できる方法である。本研究では,必須動力学粗視化(ED-CG)および変動極大粗視化(FM-CG)に基づいたシミュレーテッドアニーリングおよび勾配降下(SASD),境界制約段階的最適化(SOBC),段階的局所反復性最適化(SLIO)アルゴリズムを粗視化大規模システムに適用し,それらの最適化した結果と正確性について包括的な比較を実施した。その結果,FM-CG法およびED-CG法の双方で,SLIOアルゴリズムと組み合わせた場合に,効率的なCG分割に物理的な意味のある結果を増大させる事が分かった。これにより,SLIOの頑健性とともに,ターゲットシステムへの最適なCG表現を獲得した。FM-CG法で生成したCGサイトはパラメーター化することで,大規模な生物学的システムの研究における低解像度CGモデルを構築できる。本研究をRas蛋白質の分子動力学トラジェクトリー由来の揺らぎの生成に応用した。

シソーラス用語： 生体高分子 ,  *Rasタンパク質 ,  *分子動力学 ,  モデル ,  *近似法 ,  計算機シミュレーション ,  *シミュレーテッドアニーリング ,  アルゴリズム ,  分子間相互作用 ,  配座転移 ,  主成分分析
準シソーラス用語： *粗視化分子動力学 ,  粗視化モデル ,  マルチスケールシミュレーション ,  最適化アルゴリズム ,  蛋白質間相互作用

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 生体分子 ,  粗視化 ,  定義 ,  体系 ,  パフォーマンス