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J-GLOBAL ID：201702258057365626   整理番号：17A0685595

大分子の内挿されたポテンシャルエネルギー面の構築:Fenna-Matthews-Olson複合体におけるバクテリオクロロフィルaモデルを用いた事例

Constructing an Interpolated Potential Energy Surface of a Large Molecule: A Case Study with Bacteriochlorophyll a Model in the Fenna-Matthews-Olson Complex

著者 (2件)： KIM Chang Woo ,  RHEE Young Min
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 12  号： 11  ページ： 5235-5246  発行年： 2016年11月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本稿では,Fenna-Matthews-Olson(FMO)複合体にバクテリオクロロフィルa(BChla)発色団を用いた大分子の内挿されたポテンシャルエネルギー面(PES)を構築するための実用的な手法と,その応用例を与えた。大きな発色団分子のPESを構築するための補間を適用する詳細なコースを与えた。Fenna-Matthews-Olson光収穫複合体におけるBChla分子のS₀およびS₁電子状態の例をとった。BChlaの主要なπ共役リングを持つ縮小モデル分子を用いて,PESの品質を安定して向上させ,面を長時間の分子動力学シミュレーションに採用できるように最終的な面を微調整するための様々な実用的アプローチを設計した。並列実装と組み合わせることで,ナノ秒の時間スケールで複合体全体の補間力学/分子力学(IM/MM)シミュレーションが実用的な問題なしに容易に実行できることを示した。各発色団単位の1500個の補間データ点を用いて,参照量子化学計算に対するPES誤差は,S₀-S₁遷移エネルギーの~0.01eV誤差と共に,配座空間の熱的にアクセス可能な領域で約0.15eVであることがわかった。並列ルーチンの枠組みの中で大きな補間データベースを用いることに関連する性能の問題も論じた。

シソーラス用語： *ポテンシャルエネルギー面 ,  *発色団 ,  *バクテリオクロロフィル ,  内挿法 ,  電子状態 ,  複合体 ,  共役 ,  計算機シミュレーション ,  遷移エネルギー ,  分子内力学
準シソーラス用語： *バクテリオクロロフィルA ,  π共役 ,  分子動力学シミュレーション ,  分子力学

分類 (2件)： 分子の性質一般  (BH05031D) ,  物理化学一般  (CB01010X)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子 ,  内挿 ,  ポテンシャルエネルギー面 ,  構築 ,  複合体 ,  バクテリオクロロフィルA ,  モデル