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J-GLOBAL ID：201702262059624417   整理番号：17A0639019

古典および量子ハイブリッド自由エネルギーを算出するモンテカルロ再サンプリング法

A Monte Carlo Resampling Approach for the Calculation of Hybrid Classical and Quantum Free Energies

著者 (3件)： CAVE-AYLAND Christopher (Univ. Southampton, Hampshire, GBR) ,  SKYLARIS Chris-Kriton (Univ. Southampton, Hampshire, GBR) ,  ESSEX Jonathan W. (Univ. Southampton, Hampshire, GBR)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 2  ページ： 415-424  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 計算化学により蛋白質の配位子との親和力と結合エネルギーを見積もりたい。そこでMMからQMへの自由エネネルギー差の計算に,最も信頼されている諸方式のいくつかを厳密に評価した。収束した理論値が得られる場合は実験値とは比較しない。更に独自にMMで既に得た分布を再サンプリングし,モンテカルロ法によりQMハミルトニアン用に正しいBoltzmann分布の重みづけをした構造のアンサンブルまたはその中間的な構造のアンサンブルを選んだ。一段摂動法や非Boltzmann法の結果とも比較した。テストとして小分子の水和自由エネルギーを古典/量子ハイブリッドとして半経験的密度汎関数強束縛近似で計算した。既にQMレベルのab initio分子動力学法で求めてあった核酸塩基対のデータとも照合した。用いた方法が配位空間の重なりを推定できる方法になることが分った。

シソーラス用語： *分子間相互作用 ,  *配位子 ,  *結合エネルギー ,  *計算化学 ,  分子内力学 ,  立体配座 ,  *標本抽出 ,  密度汎関数法 ,  Boltzmann方程式 ,  塩基対 ,  核酸塩基 ,  摂動法 ,  強束縛近似 ,  *自由エネルギー
準シソーラス用語： *蛋白質相互作用 ,  *モンテカルロサンプリング

分類 (2件)： 分子間相互作用  (BH07020P) ,  化合物の化学熱力学(混合系)  (CB02033Z)

タイトルに関連する用語 (4件)： 量子 ,  自由エネルギー ,  モンテカルロ ,  再サンプリング