文献

J-GLOBAL ID：201702281206613076   整理番号：17A0142814

PairHMMフォワードアルゴリズムを加速するためのシストリックアレイ効率の最大化【Powered by NICT】

Maximizing systolic array efficiency to accelerate the PairHMM Forward Algorithm

著者 (3件)： Peltenburg Johan (Computer Engineering Laboratory, TU Delft, Netherlands) ,  Ren Shanshan (Computer Engineering Laboratory, TU Delft, Netherlands) ,  Al-Ars Zaid (Computer Engineering Laboratory, TU Delft, Netherlands)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2016  号： BIBM  ページ： 758-762  発行年： 2016年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代DNA配列データの解析では,隠れMarkovモデル(HMM)は,DNA配列と参照ゲノム間のバリアントコールを実行するために使用した。PairHMMモデルは前方アルゴリズム,性能と電力効率はFPGAにおけるシストリックアレイ(SA)を用いて大幅に増加させることができるにより解いた。はこのようなSAsの性能特性をモデル化し,計算ユニットは入力データに関する有用な作業を行う連続的に可能にする新しいアーキテクチャを提案した。実装は実際のデータセットに対する理論的スループットの90%までを達成した。提案したアーキテクチャの実装は同じ現世プラットフォーム上での最先端技術を超える2.5×以上のスループットを達成した。Copyright 2017 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 完新世 ,  電力効率 ,  隠れMarkovモデル ,  FPGA ,  計算機アーキテクチャ ,  ゲノム ,  *シストリックアレイ ,  スループット ,  *アルゴリズム ,  モデリング
準シソーラス用語： 最先端技術 ,  入力データ ,  性能特性 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： パターン認識  (JE07000S)

タイトルに関連する用語 (4件)： アルゴリズム ,  加速 ,  シストリックアレイ ,  最大化