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J-GLOBAL ID：201702282218746105   整理番号：17A0202370

C型肝炎ウイルスNS5B領域における入れ子RT-PCRと遺伝子タイピングによる比較研究【JST・京大機械翻訳】

A comparison of nested RT-PCR targeting the NS5B region and genotyping of the hepatitis C virus

著者 (8件)： Yin Qi (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Yang Qingli (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Fang Zhongliao (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Wang Xueyan (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Li Hai (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Chen Qinyan (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Tan Chao (Guangxi Zhuang Autonomous Region Center for Disease Prevention and Control, Guangxi Key Laboratory for the Prevention and Control of Viral Hepatitis) ,  Luo Zhou (City of Liuzhou Liutie Central Hospital affiliated with Southern Medical University)
資料名： Zhongguo Bingyuan Shengwu Xue Zazhi  (Zhongguo Bingyuan Shengwu Xue Zazhi)
巻： 11  号： 8  ページ： 685-689,695  発行年： 2016年 
JST資料番号： C3057A  ISSN： 1673-5234  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 【目的】C型肝炎ウイルス(HCV)のRNA逆転写とNS5B領域におけるPCR増幅効率に及ぼす異なるプライマー組合せとウイルス負荷の影響を研究し,遺伝子タイピング結果に及ぼす逆転写プライマーの影響を研究する。方法:ウイルス負荷は,蛍光定量的PCRによって検出した。HCV(DT)15とランダムプライマーPD(N)6を用いてHCV RNAを逆転写合成し、5’-NTR領域の入れ子PCRによって検出した。それぞれ,NS5B領域に対する簡単なプライマーと縮退プライマーの組合せにより入れ子PCRを行い,各群の増幅効率を比較した。NS5B領域の第2ラウンドのPCR産物を配列決定し、遺伝子タイピング結果の一致性を比較した。【結果】OLIGO(DT)15の逆転写およびランダムプライマーの逆転写により,5’-NTRの陽性率はそれぞれ87.5%および98.4%であり,有意差があった(Χ2=17.6,P<0.001)。HCV1/HCV2-122S/123Aの単純プライマー組合せとENO2/ENO4-NS5S3/NS5A5退化プライマーを用いて、OLIGO(DT)15逆転写産物に対してNS5B領域の入れ子PCR増幅を行った。陽性率は,それぞれ11.5%と35.4%であり,有意差があった(Χ2=30.7,P<0.001)。これらの2つのプライマーの組合せにより,ランダムプライマーの逆転写CDNAをNS5B領域で増幅し,それらの陽性率はそれぞれ45.3%と94.3%であり,有意差があった(Χ2=109.1,P<0.001)。ランダムの陽性率は,異なる負荷群の間で有意差がなかった(Χ2=2.00,P>0.05)。NS5B領域におけるランダムプライマーの組合せによるNS5B増幅の陽性率には有意差がなかった(Χ2=5.18,P>0.05)。OLIGO(DT)15プライマーとランダムプライマーを用いてCDNAを合成し、縮重プライマーを用いてNS5B区に入れ子PCR増幅を行い、核酸配列決定によりHCV遺伝子型が完全に一致することを確定した。結論:PD(N)6ランダムプライマーを用いて逆転写を行い、ENO2/ENO4-NS5S3/NS5A5退化プライマーと組み合わせることにより、異なる負荷量のHCVに対するNS5B区の効率的な入れ子PCR増幅と遺伝子タイピングを実現することができる。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 蛍光 ,  *RT-PCR法 ,  逆転写 ,  退化 ,  定量的PCR法 ,  類似性 ,  PCR法 ,  *C型肝炎ウイルス ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： 有意差 ,  陽性率 ,  nested PCR法 ,  ウイルス負荷 ,  *遺伝子タイピング ,  *NS5B , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： NS5B region ,  hepatitis C virus ,  reverse transcriptase polymerase chain reaction ,  viral load

分類 (3件)： ウイルスの生化学  (EG04030F) ,  感染症・寄生虫症の診断  (GD01020S) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (4件)： C型肝炎ウイルス ,  NS5B ,  遺伝子タイピング ,  研究