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J-GLOBAL ID：201702288963179018   整理番号：17A0439947

ATGCトランスクリプトミクス:新たなトランスクリプトームデータを統合,調査および分析するためのウェブベースのアプリケーション

ATGC transcriptomics: a web-based application to integrate, explore and analyze de novo transcriptomic data

著者 (11件)： GONZALEZ Sergio (Centro Investigacion en Ciencias Veterinarias y Agronomicas (CICVyA) INTA) ,  CLAVIJO Bernardo (Earlham Inst.) ,  RIVAROLA Maximo (Centro Investigacion en Ciencias Veterinarias y Agronomicas (CICVyA) INTA) ,  RIVAROLA Maximo (Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET)) ,  MORENO Patricio (Universidad de Buenos Aires) ,  FERNANDEZ Paula (Centro Investigacion en Ciencias Veterinarias y Agronomicas (CICVyA) INTA) ,  FERNANDEZ Paula (Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET)) ,  FERNANDEZ Paula (Universidad Nacional de San Martin) ,  DOPAZO Joaquin (Centro de Investigacion Principe Felipe) ,  PANIEGO Norma (Centro Investigacion en Ciencias Veterinarias y Agronomicas (CICVyA) INTA) ,  PANIEGO Norma (Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas (CONICET))
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Feb  ページ： 18:121 (WEB ONLY)  発行年： 2017年02月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ここ数年において,超並列化RNAシーケンシング(RNA-seq)に基づくアプリケーションは,完全には配列決定されていないゲノムを持つ非モデル種を研究するための価値あるアプローチ法になってきた。RNA-seqは,新規転写産物と遺伝的変異を検出し,デジタル測定により差次的遺伝子発現を評価するための便利なツールである。機能的ゲノム実験から生じる大規模で複雑なデータセットは,データプロセシングと管理および分析において問題である。この問題は非モデル種を扱う仕事をしている小研究グループにとって特に重要である。結果:ユーザがオントロジー駆動性データベースを用いて新世代シーケンシング(NGS)トランスクリプトーム解析の結果を扱うことを可能にする柔軟で融通のきくインターフェイスを持つ,ATGCトランスクリプトミクスと命名したウェブベースのアプリケーションを開発した。この新規アプリケーションは,結果をより良く理解するためのデータ探査,視覚化および統合を簡単にする。結論:ATGCトランスクリプトミクスは,未熟練コンピューターユーザと小さい研究グループに,データベース運営および管理を含むスケーラブルな格納オプションおよび単純なデータ統合へのアクセスを提供する。本ソフトウェアは,http://atgcinta.sourceforge.netにて,GNUパブリックライセンスの条件下で無料利用できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *解析 ,  *応用プログラム ,  遺伝学 ,  RNA【核酸】 ,  遺伝子発現 ,  オントロジー ,  検索 ,  *データベース ,  *データ融合 ,  *トランスクリプトーム解析 ,  *RNA-seq ,  転写産物 ,  遺伝的変異 ,  差次的遺伝子発現 ,  遺伝子オントロジー ,  *遺伝子データベース ,  *Webアプリケーション ,  ゲノミクス ,  ゲノム機能学 ,  自然科学 ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： 変異 ,  *トランスクリプトミクス ,  *ウェブアプリケーションソフトウェア ,  ゲノム解析 ,  機能ゲノム学 ,  データベース検索 ,  *データ統合

分類 (4件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： トランスクリプトミクス ,  トランスクリプトーム ,  統合 ,  調査 ,  分析 ,  ウェブ ,  アプリケーション