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J-GLOBAL ID：201702291788567551   整理番号：17A0187542

表現型のバリエーションを示す3つのエルサレムアーティチョーク(Helianthus tuberosus L.)栽培種でのトランスクリプトームの比較プロファイリングとSSRマーカーの同定

Comparative transcriptome profiling and SSR marker identification in three Jerusalem artichoke (Helianthus tuberosus L.) cultivars exhibiting phenotypic variation

著者 (9件)： Jung Won Yong (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea) ,  Jung Won Yong (Animal Material Engineering, Gyeongnam National University of Science and Technology, Jinju, Korea) ,  Lee Sang Sook (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea) ,  Park Hyun Ji (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea) ,  Kim Chul Wook (Animal Material Engineering, Gyeongnam National University of Science and Technology, Jinju, Korea) ,  Kwon Suk-Yoon (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea) ,  Jeon Jae-Heung (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea) ,  Kim Hyun-Soon (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea) ,  Cho Hye Sun (Plant Systems Engineering Research Center, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, Daejeon, Korea)
資料名： Plant Biotechnology Reports  (Plant Biotechnology Reports)
巻： 10  号： 6  ページ： 447-461  発行年： 2016年11月 
JST資料番号： W2417A  ISSN： 1863-5466  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： キク科の植物であるキクイモ(Helianthus tuberosus L.)は複数の薬理学的性質のために広く栽培されており,再生可能な原料としてだけでなく,産業応用のためのバイオ燃料源およびバイオケミカルとしても開発されている。キクイモの栄養的利点および経済的可能性にも関わらず,トランスクリプトームとゲノムの情報はほとんど無い。今回の研究では,3つのキクイモ栽培種である「ムラサキキクイモ」(PJA),「ヒンドゥンキクイモ」(HJA)および「大豊キクイモ」(DJA)の表現型の特性評価とRNA-Seq解析を行った。栽培種は,表現型のバリエーションに加えて,乾燥,高塩分および酸化ストレスに応答して明らかな差異を示した。3栽培種で,PJA栽培種は最高濃度のアントシアニンを含み,DJA栽培種は環境ストレスに対する耐性が最も強かった。3つの集められたトランスクリプトームに基づいて,栽培種PJA,HJAおよびDJAそれぞれの葉および塊茎組織から2435,3283および3657の仮の栽培種特異的転写物を同定したが,それはキクイモで利用可能なトランスクリプトームのプールを拡大した。また,PJA,HJAおよびDJAのそれぞれのトランスクリプトームデータから11,319,13,190および12,717の潜在的な栽培種特異的な単純配列の反復(SSRs)も検出した。加えて,ゲノムのPCR解析により決定されたように,栽培種同定のための分子マーカー候補として5つのSSRsを同定した。今回のRNA-Seqの比較解析およびde novoのトランスクリプトームの構築は全般的なトランスクリプトーム源を構成し,キクイモの栽培種を同定するための不可欠な配列情報を与える。従って,これらの結果は,この重要な非モデル種の将来的な遺伝子の発見,分子研究および農業改良のために有用であるにちがいない。Copyright 2016 Korean Society for Plant Biotechnology and Springer Japan Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *キクイモ ,  *栽培品種 ,  *トランスクリプトーム ,  マイクロサテライト ,  *DNAマーカー ,  表現型 ,  品種差 ,  *遺伝学実験技術 ,  耐干性 ,  酸化ストレス ,  葉 ,  塊茎 ,  RNA【核酸】
準シソーラス用語： *RNAシークエンシング ,  *SSRマーカー ,  *ストレス耐性 ,  塩分ストレス ,  *環境ストレス ,  転写産物 ,  非生物ストレス

著者キーワード (6件)： Cultivars ,  Jerusalem artichoke ,  RNA sequencing ,  Simple sequence repeats ,  Stress tolerance ,  Transcriptome

分類 (3件)： 作物の品種  (FC02020V) ,  いも類  (FC03036L) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (9件)： 表現型 ,  バリエーション ,  アーティチョーク ,  Helianthus ,  栽培種 ,  トランスクリプトーム ,  プロファイリング ,  SSRマーカー ,  同定