文献

J-GLOBAL ID：201802220310007776   整理番号：18A0812233

疾患集団有病率による誤分類されたclinver変異体の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Misclassified ClinVar Variants via Disease Population Prevalence

著者 (8件)： Shah Naisha (Human Longevity Inc., San Diego, CA 92121, USA) ,  Hou Ying-Chen Claire (Human Longevity Inc., San Diego, CA 92121, USA) ,  Yu Hung-Chun (Human Longevity Inc., San Diego, CA 92121, USA) ,  Sainger Rachana (Human Longevity Inc., San Diego, CA 92121, USA) ,  Caskey C. Thomas (Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Venter J. Craig (Human Longevity Inc., San Diego, CA 92121, USA) ,  Venter J. Craig (J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA 92037, USA) ,  Telenti Amalio (J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA 92037, USA)
資料名： American Journal of Human Genetics  (American Journal of Human Genetics)
巻： 102  号： 4  ページ： 609-619  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0360B  ISSN： 0002-9297  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒトの遺伝的変異体の標準化された分類には有意な関心がある。著者らは,疾患の予想される集団罹患率に対する病原性変異体の集団頻度を対比するために,10495の無関係な個体から全ゲノム配列データを用いた。分析は,偶発的な発見のためのACMG推奨59遺伝子条件セットと265のOrphaNet条件に関連する463の遺伝子を含んだ。合計25505の変異体を用いて,インフレーションのパターン(すなわち,過剰な遺伝的リスクと誤分類)を同定した。インフレーションは変異体の病原性を支持する証拠のレベルが減少すると増加する。著者らは,病原性変異体セットにおけるインフレーションを伴う遺伝的疾患の11.5%まで,および相反する解釈を伴う変異体セットに対して最大92.3%まで観察した。これは,疾患特異的対立遺伝子頻度のフィルタリング後,それぞれ7.7%と57.7%に改善した。138,000以上のゲノムからの公開データを用いて,インフレーションのパターンを複製した。稀な変異体の負担は観察された膨張の主な寄与因子であり,集団的に誤分類された稀な変異体を示した。また,ClinVarにおける変異病原性の再分類の動力学を解析し,変異体分類における漸進的な改善を示した。本研究は,データベースには有意な割合のwronglyに確認された変種が含まれていることを示していしかしながら,それは,サブミッターを通しての主張とfosの検証に対するClinVarの重要な役割を強調する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノム ,  遺伝子頻度 ,  インフレーション ,  遺伝 ,  ヒト ,  データベース ,  標準化 ,  遺伝子 ,  病原性 ,  フィルタリング ,  遺伝的リスク ,  ゲノム配列 ,  *遺伝的変異 ,  集団遺伝 ,  改変
準シソーラス用語： *変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： ACMG ,  有病率 ,  penetran ,  クリバ ,  オルファネット ,  病原性変異

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 疾患 ,  集団 ,  有病率 ,  分類 ,  変異体 ,  同定