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J-GLOBAL ID：201102252240550236   整理番号：11A0535210

RNA配列アライメントに関する二次構造予測の精度改良

Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences

著者 (5件)： HAMADA Michiaki (Mizuho Information & Res. Inst., Inc, Tokyo) ,  HAMADA Michiaki (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol.(AIST), Tokyo) ,  SATO Kengo (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol.(AIST), Tokyo) ,  ASAI Kiyoshi (Univ. Tokyo, Chiba, JPN)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 39  号： 2  ページ： 393-402  発行年： 2011年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA配列アライメントに関する二次構造予測は非コードRNAおよびウイルスRNAを含む多くの分野のRNA研究に重要な手段になりつつある。最近,その二次構造予測には多くのアルゴリズムが提案されているが予測精度が課題である。本論文では最近提案されたアルゴリズムの精度を改良する目的で,現在普及している二次構造予測のソフトウエアを分類した。その方法は既存の二次構造予測の評価過程に関わる予測最大精度(MEA)基盤の評価基準に基づいて分類をしたものである。その分類から,既存のアルゴリズムにおけるいくつかの欠点が明らかになり,本論文では最近紹介されたアルゴリズムを改良して開発されたCentroidAlifoldを提案している。最後に計算実験により理論的分類法が支持され,CentroidAlifoldが実質的に他のアルゴリズムに比較し格段に優れていることを示した。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *二次構造 ,  RNA【核酸】 ,  精度 ,  予測技法 ,  *計算機アルゴリズム
準シソーラス用語： 配列アライメント ,  *RNA配列解析 ,  非コードRNA ,  予測精度

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (3件)： RNA ,  配列アライメント ,  二次構造予測