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J-GLOBAL ID：201302212410007691   整理番号：13A1784519

蛋白質-RNA相互作用に関与するRNA分子の塩基対合可能性の解析

Analysis of base-pairing probabilities of RNA molecules involved in protein-RNA interactions

著者 (7件)： IWAKIRI Junichi (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  IWAKIRI Junichi (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  KAMEDA Tomoshi (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  ASAI Kiyoshi (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  HAMADA Michiaki (Univ. Tokyo, Chiba, JPN) ,  HAMADA Michiaki (National Inst. Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 20  ページ： 2524-2528  発行年： 2013年10月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-RNA相互作用は蛋白質とRNA両方の機能を理解するのに重要で,この相互作用においてRNAの二次構造が重要な役割をしている。RNA二次構造の解析において,RNAsの塩基対合可能性(BPPs)(例えば,RNA二次構造の集合における塩基対形成の可能性)は,単一のRNA二次構造よりも構造に関してより豊富で広範な情報を提供する。今回,蛋白質データバンクにおける既知の蛋白質-RNA複合体に関与するRNA分子のBPPsを解析した。結果は,三次元構造において,アミノ酸と分子間水素結合をもつ非対ヌクレオチドに対するBPPsは,水素結合のない非対ヌクレオチドに対するものよりも著明に低いことを示唆した。一方,分子間水素結合の有無に関わらず,対化ヌクレオチドに対するBPPs間に相違はなかった。

シソーラス用語： *分子間相互作用 ,  *タンパク質 ,  *RNA【核酸】 ,  *水素結合 ,  *二次構造 ,  構造 ,  タンパク質核酸複合体 ,  アミノ酸残基 ,  電荷 ,  データベース ,  確率モデル ,  ヌクレオチド ,  アルゴリズム ,  集合 ,  *RNA二次構造 ,  *塩基対形成 ,  タンパク質データベース ,  *RNA-蛋白質相互作用 ,  数学モデル
準シソーラス用語： *塩基対合 ,  三次元構造 ,  蛋白質データバンク ,  *蛋白質-RNA相互作用

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質-RNA相互作用 ,  RNA ,  分子 ,  塩基対合 ,  可能性 ,  解析