ロックされた核酸(LNA)オリゴヌクレオチドPCRクランピングと454ピロシーケンスを用いたダイズとトウモロコシの根関連細菌群集構造の特性化【Powered by NICT】

Yu Zhenhua; Yu Jiang; Makoto Ikenaga; Masao Sakai; Liu Xiaobing; Wang Guanghua

文献

J-GLOBAL ID：201702214705353869 整理番号：17A0125079

ロックされた核酸(LNA)オリゴヌクレオチドPCRクランピングと454ピロシーケンスを用いたダイズとトウモロコシの根関連細菌群集構造の特性化【Powered by NICT】

Characterization of root-associated bacterial community structures in soybean and corn using locked nucleic acid (LNA) oligonucleotide- PCR clamping and 454 pyrosequencing

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資料名：
巻： 15 号： 8 ページ： 1883-1891 発行年： 2016年
JST資料番号： C2625A ISSN： 2095-3119 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：中国 (CHN) 言語：英語 (EN)

根関連細菌の群落構造と多様性は,ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅法いくつかの研究を用いて調べた暫定的にした。しかし,植物色素体及びミトコンドリアの小submitリボソーム(SSU)rRNA遺伝子と細菌の間の相同性はこれらの研究の妨げとなっている。この問題を解決するために,本論文では,ダイズとトウモロコシの根関連細菌群集組成を解析するために454ピロシークエンス法を用いたロックされた核酸(LNA)オリゴヌクレオチド-PCRクランプ法を採用した。結果は,植物葉緑体とミトコンドリア遺伝子はLNAオリゴヌクレオチド(LNA(+))と根試料のPCR増幅から効果的に阻害され,LNA(+)を用いたPCRアンプリコンを高い細菌操作的分類単位(OTU)数とACE,Chao1,Shannon指数,LNAオリゴヌクレオチド(LNA( ))なしの対応試料よりも低いSimpson指数を持つことを示した。これらの知見は,本研究の方法は,根関連細菌の群落のより詳細な記述を提供することを示唆した。ダイズLNA(+)試料では,Pseudomonas,BradyrhizobiumとFlavobacteriumは,三つの最も豊富な属であったが,トウモロコシLNA(+)試料中の二で優勢菌はStreptomycesおよびNiastellaした。主要属の有無はダイズとトウモロコシの間で変化し,根関連細菌の群落は二作物間で異なっていた示唆した。本研究で検出された少ない系統型と非培養根関連細菌のメンバーは根関連細菌の群落は高度に複雑でその分類学的子会社に関する情報は,潜在的に更なる機能分析のための新規細菌を分離するために最適培地と方法を選択するための手がかりを与えることを示した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

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進化論一般 , 分子遺伝学一般 , 遺伝学研究法

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