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J-GLOBAL ID：201702264300374675   整理番号：17A0360486

仮想システム結合適応アンブレラサンプリングの新しい改良版によるフレキシブル結合シミュレーション【Powered by NICT】

Flexible binding simulation by a novel and improved version of virtual-system coupled adaptive umbrella sampling

著者 (4件)： Dasgupta Bhaskar (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2, Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871, Japan) ,  Dasgupta Bhaskar (Technology Research Association for Next Generation Natural Products Chemistry, 2-3-26 Aomi, Koto-ku, Tokyo 135-0064, Japan) ,  Nakamura Haruki (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2, Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871, Japan) ,  Higo Junichi (Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2, Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871, Japan)
資料名： Chemical Physics Letters  (Chemical Physics Letters)
巻： 662  ページ： 327-332  発行年： 2016年 
JST資料番号： B0824A  ISSN： 0009-2614  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 仮想システムを組み合わせた適応アンブレラサンプリング(VAUS)は仮想自由度を用いて反応座標に沿ったサンプリングを増強する。VAUSと規則的な適応アンブレラサンプリング(AUS)法はまだは計算的に高価である。さらに計算負荷を減少させるために,全原子明示的溶媒シミュレーションのためのVAUSの改善を示した。改善はMarkov近似による確率分布計算を含む;反復多項式フィッティングによるバイアス力のパラメータ化力スケーリング。あらわな溶媒中のAlaペンタペプチド二量化を研究するために適用されるならばこれは規則的なオーストラリア上の優位性を示した。改良VAUSを用いてより大きな生物学的システムが適している。Copyright 2017 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： バイアス ,  *シミュレーション ,  オーストラリア連邦 ,  近似法 ,  パラメタリゼーション ,  自由度 ,  生体系 ,  確率分布 ,  二量化 ,  反応座標 ,  自由エネルギー ,  多項式
準シソーラス用語： ペンタペプチド ,  計算負荷 ,  *アンブレラサンプリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 適応アンブレラサンプリング(オーストラリア) ,  仮想システム結合オーストラリア ,  Markov近似確率分布 ,  力バイアスパラメータ化 ,  自由エネルギー結合景観

分類 (3件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  分子の幾何学的構造一般  (BH05021S) ,  分子構造と性質の実験的研究  (CB01020I)

タイトルに関連する用語 (4件)： 仮想 ,  適応 ,  アンブレラサンプリング ,  シミュレーション