特許

J-GLOBAL ID：201303038927117407

RNA配列情報処理装置

発明者： 津田 宏治 ,  金 大真 ,  浜田 道昭 ,  浅井 潔
出願人/特許権者： 独立行政法人産業技術総合研究所 ,  みずほ情報総研株式会社 ,  国立大学法人 東京大学
代理人 (3件)： 大野 聖二 ,  森田 耕司 ,  田中 玲子
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2006-049694
公開番号（公開出願番号）：特開2007-226700
特許番号：特許第4940396号
出願日： 2006年02月27日
公開日（公表日）： 2007年09月06日
請求項（抜粋）：

【請求項1】 複数のRNA配列データの各々から、RNA2次構造の複数のステム候補を抽出するステム候補抽出部と、 各RNA配列データから抽出された前記複数のステム候補の各々を頂点として有し、頂点間を辺で結んだステムグラフを生成するグラフ生成部と、 前記複数のRNA配列からそれぞれ生成された複数の前記ステムグラフを分析して、グラフ形状が類似し、対応する頂点のステム候補が類似し、前記複数のステムグラフに頻出する部分グラフを、RNA2次構造モチーフを表す頻出ステムパターンとして抽出するグラフ解析部と、 を備えたことを特徴とするRNA配列情報処理装置。

IPC (2件)：

G06F 19/16 ( 201 1.01) ,  C12N 15/09 ( 200 6.01)

FI (2件)：

G06F 19/16 ,  C12N 15/00 ZNA A

引用特許：

出願人引用 (1件)

• RNA配列情報処理方法、プログラムおよび装置
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2004-096140   出願人：浅井潔

引用文献：

出願人引用 (4件)

• A graph theoretical approach for predicting common RNA secondarystructure motifs including pseudokno
• Mining generalized substructures from a set of labeledgraphs
• Tree Decomposition Based Fast Search of RNA StructuresIncluding Pseudoknots in Genomes
• RAG: RNA-As-Graphs web resource